Gene | SNP ID | Genotype | Controls N (%) | Cases N (%) | Chr | Region | Residue change | References in cancer |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
AANAT | rs3760138 | TT | 146 (24.3) | 173 (27.7) | 17 | intron 5′-UTR |  | [28] |
 |  | TG | 323 (53.7) | 302 (48.3) |  |  |  |  |
 |  | GG | 132 (22.0) | 150 (24.0) |  |  |  |  |
 | rs11077821 | CC | 419 (69.1) | 448 (71.5) | 17 | intron |  | [29] |
 |  | CT | 175 (28.9) | 166 (26.5) |  |  |  |  |
 |  | TT | 12 ( 2.0) | 13 ( 2.1) |  |  |  |  |
CLOCK | rs1801260 | TT | 323 (53.2) | 336 (53.4) | 4 | 3′-UTR |  | |
 |  | TC | 228 (37.6) | 251 (39.9) |  |  |  |  |
 |  | CC | 56 ( 9.2) | 42 ( 6.7) |  |  |  |  |
 | rs3736544 | GG | 241 (39.8) | 253 (40.2) | 4 | exon | Asn > Asn |  |
 |  | GA | 269 (44.5) | 294 (46.7) |  |  |  |  |
 |  | AA | 95 (15.7) | 82 (13.0) |  |  |  |  |
 | rs3749474 | CC | 259 (42.6) | 258 (41.0) | 4 | 3′-UTR |  | |
 |  | CT | 266 (43.8) | 280 (44.5) |  |  |  |  |
 |  | TT | 83 (13.7) | 91 (14.5) |  |  |  |  |
NPAS2 | rs2305160 | GG | 283 (46.7) | 273 (44.0) | 2 | exon | Thr > Ala | |
 |  | GA | 264 (43.6) | 290 (46.7) |  |  |  |  |
 |  | AA | 59 ( 9.7) | 58 ( 9.3) |  |  |  |  |
PER1 | rs3027178 | TT | 281 (46.1) | 262 (42.4) | 17 | exon | Thr > Thr | |
 |  | TG | 253 (41.5) | 279 (45.1) |  |  |  |  |
 |  | GG | 76 (12.5) | 77 (12.5) |  |  |  |  |
PER2 | rs934945 | CC | 386 (63.4) | 410 (66.1) | 2 | exon | Gly > Glu | |
 |  | CT | 206 (33.8) | 194 (31.3) |  |  |  |  |
 |  | TT | 17 ( 2.8) | 16 ( 2.6) |  |  |  |  |
PER2 | rs2304674 | AA | 330 (54.5) | 349 (55.8) | 2 | intron | Â | |
 |  | AG | 246 (40.7) | 232 (37.1) |  |  |  |  |
 |  | GG | 29 ( 4.8) | 45 ( 7.2) |  |  |  |  |
RORA | rs339972 | TT | 312 (51.4) | 349 (55.7) | 15 | intron | Â | |
 |  | TC | 233 (38.4) | 244 (38.9) |  |  |  |  |
 |  | CC | 62 (10.2) | 34 ( 5.4) |  |  |  |  |
 | rs10519097 | CC | 422 (69.3) | 464 (74.4) | 15 | intron |  | |
 |  | CT | 173 (28.4) | 151 (24.2) |  |  |  |  |
 |  | TT | 14 ( 2.3) | 9 ( 1.4) |  |  |  |  |
TIMELESS | rs3809125 | CC | 250 (41.4) | 258 (41.0) | 12 | exon | Ile > Val |  |
 |  | CT | 280 (46.4) | 297 (47.2) |  |  |  |  |
 |  | TT | 74 (12.3) | 74 (11.8) |  |  |  |  |
 | rs7302060 | TT | 181 (29.9) | 192 (30.6) | 12 | upstream |  | |
 |  | TC | 304 (50.2) | 299 (47.6) |  |  |  |  |
 |  | CC | 121 (20.0) | 137 (21.8) |  |  |  |  |
 | rs774027 | AA | 157 (25.9) | 164 (26.1) | 12 | intron |  | |
 |  | AT | 301 (49.7) | 303 (48.2) |  |  |  |  |
 |  | TT | 148 (24.4) | 162 (25.8) |  |  |  |  |