Integrative analysis of the cancer genome atlas and cancer cell lines encyclopedia large-scale genomic databases: MUC4/MUC16/MUC20 signature is associated with poor survival in human carcinomas

Jonckheere, Nicolas; Van Seuningen, Isabelle

doi:10.1186/s12967-018-1632-2

Table 1 List of mRNA positively correlated with MUC4

From: Integrative analysis of the cancer genome atlas and cancer cell lines encyclopedia large-scale genomic databases: MUC4/MUC16/MUC20 signature is associated with poor survival in human carcinomas

Correlated gene	Cytoband	Pearson’s correlation	Spearman’s correlation
ADGRF1	6p12.3	0.56	0.40
LCN2	9q34	0.54	0.41
MUC20	3q29	0.54	0.42
C1ORF116	1q32.1	0.52	0.47
SCEL	13q22	0.52	0.43
STEAP4	7q21.12	0.51	0.35
WFDC2	20q13.12	0.48	0.31
GJB3	1p34	0.48	0.35
SH2D3A	19p13.3	0.48	0.45
RNF39	6p21.3	0.47	0.35
PRSS22	16p13.3	0.47	0.41
HS3ST1	4p16	0.46	0.35
GPR87	3q24	0.46	0.35
TACSTD2	1p32	0.46	0.41
MUC16	19p13.2	0.46	0.37
FAM83A	8q24.13	0.45	0.34
LAMC2	1q25-q31	0.45	0.32
B3GNT3	19p13.1	0.45	0.40
CLDN7	17p13.1	0.45	0.44
ELF3	1q32.2	0.44	0.44
MIR205HG	1q32.2	0.44	0.37
PPL	16p13.3	0.44	0.40
MPZL2	11q24	0.44	0.43
TMPRSS4	11q23.3	0.44	0.46
C6ORF132	6p21.1	0.43	0.36
FGFBP1	4p15.32	0.43	0.38
IRF6	1q32.3-q41	0.43	0.44
LAMB3	1q32	0.43	0.31
CDH3	16q22.1	0.43	0.41
SPINT1	15q15.1	0.43	0.42
EHF	11p12	0.43	0.41
CYSRT1	9q34.3	0.42	0.33
MACC1	7p21.1	0.42	0.38
MST1R	3p21.3	0.42	0.41
SERPINB5	18q21.33	0.42	0.39
TMEM30B	14q23.1	0.42	0.40
CLDN4	7q11.23	0.41	0.37
LIPH	3q27	0.41	0.36
ALS2CL	3p21.31	0.41	0.37
ITGB6	2q24.2	0.41	0.37
RAB25	1q22	0.41	0.41
CNKSR1	1p36.11	0.41	0.43
TSPAN1	1p34.1	0.41	0.36
CEACAM6	19q13.2	0.41	0.37
KLK10	19q13	0.41	0.37
UCA1	19p13.12	0.41	0.32
CXCL16	17p13	0.41	0.35
ELMO3	16q22.1	0.41	0.44
PRSS8	16p11.2	0.41	0.42
ST14	11q24-q25	0.41	0.40
TRIM29	11q23.3	0.41	0.37
GRHL2	8q22.3	0.40	0.40
PTK6	20q13.3	0.40	0.34
FLJ23867	1q25.2	0.40	0.31
TMC4	19q13.42	0.40	0.38
CDH1	16q22.1	0.40	0.39
SDR16C5	8q12.1	0.39	0.35
S100A14	1q21.3	0.39	0.38
GJB5	1p35.1	0.39	0.33
JUP	17q21	0.39	0.40
TMC5	16p12.3	0.39	0.42
SCGB1A1	11q12.3	0.39	0.34
MROH6	8q24.3	0.38	0.39
MAL2	8q23	0.38	0.41
ESRP1	8q22.1	0.38	0.42
GALNT3	2q24-q31	0.38	0.38
CBLC	19q13.2	0.38	0.40
FUT3	19p13.3	0.38	0.42
PKP3	11p15	0.38	0.39
EPHA1	7q34	0.37	0.39
AGR2	7p21.3	0.37	0.33
CDS1	4q21.23	0.37	0.37
S100P	4p16	0.37	0.36
ARL14	3q25.33	0.37	0.33
KRTCAP3	2p23.3	0.37	0.41
BIK	22q13.31	0.37	0.38
SFN	1p36.11	0.37	0.41
TMEM125	1p34.2	0.37	0.44
C19ORF33	19q13.2	0.37	0.35
LSR	19q13.12	0.37	0.41
MISP	19p13.3	0.37	0.39
ESRP2	16q22.1	0.37	0.39
PAK6	15q14	0.37	0.37
KRT4	12q13.13	0.37	0.32
ANKRD22	10q23.31	0.37	0.40
MARVELD2	5q13.2	0.36	0.38
LAD1	1q25.1-q32.3	0.36	0.38
F11R	1q21.2-q21.3	0.36	0.44
CGN	1q21	0.36	0.42
ARHGEF16	1p36.3	0.36	0.43
KIAA1522	1p35.1	0.36	0.33
DMKN	19q13.12	0.36	0.34
STAP2	19p13.3	0.36	0.34
EVPL	17q25.1	0.36	0.38
ITGB4	17q25	0.36	0.36
MARVELD3	16q22.2	0.36	0.42
CCDC64B	16p13.3	0.36	0.38
KLF5	13q22.1	0.36	0.35
KRT6A	12q13.13	0.36	0.33
EXPH5	11q22.3	0.36	0.37
PLEKHA7	11p15.1	0.36	0.33
PRRG4	11p13	0.36	0.33
ADAP1	7p22.3	0.35	0.35
IL1RN	2q14.2	0.35	0.36
EPCAM	2p21	0.35	0.38
PVRL4	1q23.3	0.35	0.31
EPS8L1	19q13.42	0.35	0.39
PRRG2	19q13.33	0.35	0.43
FXYD3	19q13.12	0.35	0.37
CRB3	19p13.3	0.35	0.40
MYO5C	15q21	0.35	0.37
TC2 N	14q32.12	0.35	0.38
PLEKHG3	14q23.3	0.35	0.35
FAM83H	8q24.3	0.34	0.39
FRK	6q21-q22.3	0.34	0.31
FAM110C	2p25.3	0.34	0.35
KDF1	1p36.11	0.34	0.40
KLK6	19q13.3	0.34	0.38
SPINT2	19q13.1	0.34	0.39
TTC9	14q24.2	0.34	0.32
FOXA1	14q21.1	0.34	0.36
TJP2	9q13-q21	0.33	0.31
ARHGEF5	7q35	0.33	0.33
MAPK13	6p21.31	0.33	0.32
ZNF165	6p21.3	0.33	0.41
ANXA3	4q21.21	0.33	0.30
B3GNT5	3q28	0.33	0.32
ZBED2	3q13.2	0.33	0.31
GRHL1	2p25.1	0.33	0.38
FERMT1	20p12.3	0.33	0.31
SPRR1A	1q21-q22	0.33	0.31
S100A9	1q21	0.33	0.33
PCSK9	1p32.3	0.33	0.34
CEACAM5	19q13.1-q13.2	0.33	0.33
KLK8	19q13	0.33	0.36
GNA15	19p13.3	0.33	0.32
KRT19	17q21.2	0.33	0.32
TNS4	17q21.2	0.33	0.41
PLEK2	14q23.3	0.33	0.32
DTX4	11q12.1	0.33	0.31
TSPAN15	10q22.1	0.33	0.34
CHMP4C	8q21.13	0.32	0.38
DAPP1	4q25-q27	0.32	0.32
PROM2	2q11.1	0.32	0.37
AIM1L	1p36.11	0.32	0.42
GRHL3	1p36.11	0.32	0.34
MYH14	19q13.33	0.32	0.41
TJP3	19p13.3	0.32	0.40
DSC2	18q12.1	0.32	0.32
LLGL2	17q25.1	0.32	0.40
IL18	11q23.1	0.32	0.32
OVOL1	11q13	0.32	0.40
CORO2A	9q22.3	0.31	0.34
TMEM184A	7p22.3	0.31	0.40
MAP7	6q23.3	0.31	0.33
IL20RA	6q23.3	0.31	0.37
DDR1	6p21.3	0.31	0.32
FAM83B	6p12.1	0.31	0.37
LAMP3	3q26.3-q27	0.31	0.36
OVOL2	20p11.23	0.31	0.41
KCNK1	1q42-q43	0.31	0.35
PTAFR	1p35-p34.3	0.31	0.34
FUT2	19q13.3	0.31	0.38
LRG1	19p13.3	0.31	0.32
ST6GALNAC1	17q25.1	0.31	0.43
GRB7	17q12	0.31	0.38
ATP2C2	16q24.1	0.31	0.42
PLA2G10	16p13.1-p12	0.31	0.39
SCNN1A	12p13	0.31	0.40
TMEM45B	11q24.3	0.31	0.38
EZR	6q25.3	0.30	0.31
ARAP2	4p14	0.30	0.31
CDCP1	3p21.31	0.30	0.30
PTPRU	1p35.3	0.30	0.30
KLC3	19q13	0.30	0.36
EPN3	17q21.33	0.30	0.39
ARHGAP27	17q21.31	0.30	0.35
FA2H	16q23	0.30	0.40

Data were retrieved from 881 samples of Cancer Cell Line Encyclopedia (Novartis/Broad, Nature 2012). Correlation analysis was performed using cBioPortal.org online tool. 178 genes presented a Pearson’s correlation higher than 0.3

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ISSN: 1479-5876

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