TY - JOUR AU - Cox, L. M. AU - Yamanishi, S. AU - Sohn, J. AU - Alekseyenko, A. V. AU - Leung, J. M. AU - Cho, I. AU - Kim, S. G. AU - Li, H. AU - Gao, Z. AU - Mahana, D. PY - 2014 DA - 2014// TI - Altering the intestinal microbiota during a critical developmental window has lasting metabolic consequences JO - Cell VL - 158 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.05.052 DO - 10.1016/j.cell.2014.05.052 ID - Cox2014 ER - TY - JOUR AU - Bokulich, N. A. AU - Chung, J. AU - Battaglia, T. AU - Henderson, N. AU - Jay, M. AU - Li, H. AU - Lieber, A. D. AU - Wu, F. AU - Perez-Perez, G. I. AU - Chen, Y. PY - 2016 DA - 2016// TI - Antibiotics, birth mode, and diet shape microbiome maturation during early life JO - Sci Transl Med VL - 8 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aad7121 DO - 10.1126/scitranslmed.aad7121 ID - Bokulich2016 ER - TY - JOUR AU - Mathur, R. AU - Barlow, G. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Obesity and the microbiome JO - Expert Rev Gastroenterol Hepatol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1586/17474124.2015.1051029 DO - 10.1586/17474124.2015.1051029 ID - Mathur2015 ER - TY - JOUR AU - Ottosson, F. AU - Brunkwall, L. AU - Ericson, U. AU - Nilsson, P. M. AU - Almgren, P. AU - Fernandez, C. AU - Melander, O. AU - Orho-Melander, M. PY - 2018 DA - 2018// TI - Connection between BMI-related plasma metabolite profile and gut microbiota JO - J Clin Endocrinol Metab VL - 103 UR - https://doi.org/10.1210/jc.2017-02114 DO - 10.1210/jc.2017-02114 ID - Ottosson2018 ER - TY - JOUR AU - Faith, J. J. AU - Guruge, J. L. AU - Charbonneau, M. AU - Subramanian, S. AU - Seedorf, H. AU - Goodman, A. L. AU - Clemente, J. C. AU - Knight, R. AU - Heath, A. C. AU - Leibel, R. L. PY - 2013 DA - 2013// TI - The long-term stability of the human gut microbiota JO - Science VL - 341 UR - https://doi.org/10.1126/science.1237439 DO - 10.1126/science.1237439 ID - Faith2013 ER - TY - JOUR AU - Henry, R. R. AU - Wiest-Kent, T. A. AU - Scheaffer, L. AU - Kolterman, O. G. AU - Olefsky, J. M. PY - 1986 DA - 1986// TI - Metabolic consequences of very-low-calorie diet therapy in obese non-insulin-dependent diabetic and nondiabetic subjects JO - Diabetes VL - 35 UR - https://doi.org/10.2337/diab.35.2.155 DO - 10.2337/diab.35.2.155 ID - Henry1986 ER - TY - JOUR AU - Mardinoglu, A. AU - Wu, H. AU - Bjornson, E. AU - Zhang, C. AU - Hakkarainen, A. AU - Rasanen, S. M. AU - Lee, S. AU - Mancina, R. M. AU - Bergentall, M. AU - Pietilainen, K. H. PY - 2018 DA - 2018// TI - An integrated understanding of the rapid metabolic benefits of a carbohydrate-restricted diet on hepatic steatosis in humans JO - Cell Metab VL - 27 ID - Mardinoglu2018 ER - TY - JOUR AU - Jensen, M. D. AU - Ryan, D. H. AU - Apovian, C. M. AU - Ard, J. D. AU - Comuzzie, A. G. AU - Donato, K. A. AU - Hu, F. B. AU - Hubbard, V. S. AU - Jakicic, J. M. AU - Kushner, R. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - 2013 AHA/ACC/TOS guideline for the management of overweight and obesity in adults: a report of the American College of Cardiology/American Heart Association Task Force on Practice Guidelines and The Obesity Society JO - J Am Coll Cardiol VL - 63 UR - https://doi.org/10.1016/j.jacc.2013.11.004 DO - 10.1016/j.jacc.2013.11.004 ID - Jensen2014 ER - TY - JOUR AU - Alemán, J. O. AU - Iyengar, N. AU - Walker, J. AU - Milne, G. L. AU - Correa da Rosa, J. AU - Liang, Y. AU - Giri, D. AU - Hudis, C. A. AU - Breslow, J. L. AU - Holt, P. R. AU - Dannenberg, A. J. PY - 2017 DA - 2017// TI - Effects of rapid weight loss on systemic and adipose tissue inflammation and metabolism in obese postmenopausal women JO - J Endocr Soc VL - 1 UR - https://doi.org/10.1210/js.2017-00020 DO - 10.1210/js.2017-00020 ID - Alemán2017 ER - TY - JOUR AU - Chatelier, E. AU - Nielsen, T. AU - Qin, J. AU - Prifti, E. AU - Hildebrand, F. AU - Falony, G. AU - Almeida, M. AU - Arumugam, M. AU - Batto, J. M. AU - Kennedy, S. PY - 2013 DA - 2013// TI - Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12506 DO - 10.1038/nature12506 ID - Chatelier2013 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Ley, R. E. AU - Mahowald, M. A. AU - Magrini, V. AU - Mardis, E. R. AU - Gordon, J. I. PY - 2006 DA - 2006// TI - An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05414 DO - 10.1038/nature05414 ID - Turnbaugh2006 ER - TY - JOUR AU - Ley, R. E. AU - Backhed, F. AU - Turnbaugh, P. AU - Lozupone, C. A. AU - Knight, R. D. AU - Gordon, J. I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Obesity alters gut microbial ecology JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0504978102 DO - 10.1073/pnas.0504978102 ID - Ley2005 ER - TY - JOUR AU - Vaughn, A. C. AU - Cooper, E. M. AU - DiLorenzo, P. M. AU - O’Loughlin, L. J. AU - Konkel, M. E. AU - Peters, J. H. AU - Hajnal, A. AU - Sen, T. AU - Lee, S. H. AU - Serre, C. B. AU - Czaja, K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Energy-dense diet triggers changes in gut microbiota, reorganization of gutbrain vagal communication and increases body fat accumulation JO - Acta Neurobiol Exp VL - 77 ID - Vaughn2017 ER - TY - JOUR AU - Sen, T. AU - Cawthon, C. R. AU - Ihde, B. T. AU - Hajnal, A. AU - DiLorenzo, P. M. AU - Serre, C. B. AU - Czaja, K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Diet-driven microbiota dysbiosis is associated with vagal remodeling and obesity JO - Physiol Behav VL - 173 UR - https://doi.org/10.1016/j.physbeh.2017.02.027 DO - 10.1016/j.physbeh.2017.02.027 ID - Sen2017 ER - TY - JOUR AU - Haeusler, R. A. AU - Camastra, S. AU - Nannipieri, M. AU - Astiarraga, B. AU - Castro-Perez, J. AU - Xie, D. AU - Wang, L. AU - Chakravarthy, M. AU - Ferrannini, E. PY - 2016 DA - 2016// TI - Increased bile acid synthesis and impaired bile acid transport in human obesity JO - J Clin Endocrinol Metab VL - 101 UR - https://doi.org/10.1210/jc.2015-2583 DO - 10.1210/jc.2015-2583 ID - Haeusler2016 ER - TY - JOUR AU - David, L. A. AU - Maurice, C. F. AU - Carmody, R. N. AU - Gootenberg, D. B. AU - Button, J. E. AU - Wolfe, B. E. AU - Ling, A. V. AU - Devlin, A. S. AU - Varma, Y. AU - Fischbach, M. A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome JO - Nature VL - 505 UR - https://doi.org/10.1038/nature12820 DO - 10.1038/nature12820 ID - David2014 ER - TY - JOUR AU - Liou, A. P. AU - Paziuk, M. AU - Luevano, J. M. AU - Machineni, S. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Kaplan, L. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Conserved shifts in the gut microbiota due to gastric bypass reduce host weight and adiposity JO - Sci Transl Med. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3005687 DO - 10.1126/scitranslmed.3005687 ID - Liou2013 ER - TY - JOUR AU - Pedersen, H. K. AU - Gudmundsdottir, V. AU - Nielsen, H. B. AU - Hyotylainen, T. AU - Nielsen, T. AU - Jensen, B. A. AU - Forslund, K. AU - Hildebrand, F. AU - Prifti, E. AU - Falony, G. PY - 2016 DA - 2016// TI - Human gut microbes impact host serum metabolome and insulin sensitivity JO - Nature VL - 535 UR - https://doi.org/10.1038/nature18646 DO - 10.1038/nature18646 ID - Pedersen2016 ER - TY - JOUR AU - Fiorucci, S. AU - Distrutti, E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bile acid-activated receptors, intestinal microbiota, and the treatment of metabolic disorders JO - Trends Mol Med VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.molmed.2015.09.001 DO - 10.1016/j.molmed.2015.09.001 ID - Fiorucci2015 ER - TY - JOUR AU - Kohli, R. AU - Myronovych, A. AU - Tan, B. K. AU - Salazar-Gonzalez, R. M. AU - Miles, L. AU - Zhang, W. AU - Oehrle, M. AU - Sandoval, D. A. AU - Ryan, K. K. AU - Seeley, R. J. AU - Setchell, K. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bile acid signaling: mechanism for bariatric surgery, cure for NASH? JO - Dig Dis VL - 33 UR - https://doi.org/10.1159/000371699 DO - 10.1159/000371699 ID - Kohli2015 ER - TY - JOUR AU - Ryan, K. K. AU - Tremaroli, V. AU - Clemmensen, C. AU - Kovatcheva-Datchary, P. AU - Myronovych, A. AU - Karns, R. AU - Wilson-Perez, H. E. AU - Sandoval, D. A. AU - Kohli, R. AU - Backhed, F. AU - Seeley, R. J. PY - 2014 DA - 2014// TI - FXR is a molecular target for the effects of vertical sleeve gastrectomy JO - Nature VL - 509 UR - https://doi.org/10.1038/nature13135 DO - 10.1038/nature13135 ID - Ryan2014 ER - TY - JOUR AU - Liu, R. AU - Hong, J. AU - Xu, X. AU - Feng, Q. AU - Zhang, D. AU - Gu, Y. AU - Shi, J. AU - Zhao, S. AU - Liu, W. AU - Wang, X. PY - 2017 DA - 2017// TI - Gut microbiome and serum metabolome alterations in obesity and after weight-loss intervention JO - Nat Med VL - 23 UR - https://doi.org/10.1038/nm.4358 DO - 10.1038/nm.4358 ID - Liu2017 ER - TY - JOUR AU - Pendyala, S. AU - Neff, L. M. AU - Suarez-Farinas, M. AU - Holt, P. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Diet-induced weight loss reduces colorectal inflammation: implications for colorectal carcinogenesis JO - Am J Clin Nutr VL - 93 UR - https://doi.org/10.3945/ajcn.110.002683 DO - 10.3945/ajcn.110.002683 ID - Pendyala2011 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Pena, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Callahan, B. J. AU - McMurdie, P. J. AU - Rosen, M. J. AU - Han, A. W. AU - Johnson, A. J. AU - Holmes, S. P. PY - 2016 DA - 2016// TI - DADA2: high-resolution sample inference from Illumina amplicon data JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3869 DO - 10.1038/nmeth.3869 ID - Callahan2016 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Misawa, K. AU - Kuma, K. AU - Miyata, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast Fourier transform JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkf436 DO - 10.1093/nar/gkf436 ID - Katoh2002 ER - TY - JOUR AU - Price, M. N. AU - Dehal, P. S. AU - Arkin, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - FastTree 2–approximately maximum-likelihood trees for large alignments JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0009490 DO - 10.1371/journal.pone.0009490 ID - Price2010 ER - TY - JOUR AU - Faith, D. P. PY - 1992 DA - 1992// TI - Conservation evaluation and phylogenetic diversity JO - Biol Conserv VL - 61 UR - https://doi.org/10.1016/0006-3207(92)91201-3 DO - 10.1016/0006-3207(92)91201-3 ID - Faith1992 ER - TY - JOUR AU - Lozupone, C. AU - Knight, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - UniFrac: a new phylogenetic method for comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 71 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 DO - 10.1128/AEM.71.12.8228-8235.2005 ID - Lozupone2005 ER - TY - STD TI - Bokulich N, Zhang Y, Dillon M, Rideout JR, Bolyen E, Li H, Albert P, Caporaso JG. q2-longitudinal: a QIIME 2 plugin for longitudinal and paired-sample analyses of microbiome data. bioRxiv. 2017. ID - ref30 ER - TY - JOUR AU - Bokulich, N. A. AU - Kaehler, B. D. AU - Rideout, J. R. AU - Dillon, M. AU - Bolyen, E. AU - Knight, R. AU - Huttley, G. A. AU - Gregory, C. a. p. o. r. a. s. o. J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences with QIIME 2’s q2-feature-classifier plugin JO - Microbiome. VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-018-0470-z DO - 10.1186/s40168-018-0470-z ID - Bokulich2018 ER - TY - JOUR AU - McDonald, D. AU - Price, M. N. AU - Goodrich, J. AU - Nawrocki, E. P. AU - DeSantis, T. Z. AU - Probst, A. AU - Andersen, G. L. AU - Knight, R. AU - Hugenholtz, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - An improved Greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea JO - ISME J VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.139 DO - 10.1038/ismej.2011.139 ID - McDonald2012 ER - TY - JOUR AU - Anderson, M. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - A new method for non-parametric multivariate analysis of variance JO - Austral Ecol VL - 26 ID - Anderson2001 ER - TY - JOUR AU - Bokulich, N. A. AU - Battaglia, T. AU - Aleman, J. O. AU - Walker, J. M. AU - Blaser, M. J. AU - Holt, P. R. PY - 2016 DA - 2016// TI - Celecoxib does not alter intestinal microbiome in a longitudinal diet-controlled study JO - Clin Microbiol Infect VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmi.2016.01.013 DO - 10.1016/j.cmi.2016.01.013 ID - Bokulich2016 ER - TY - JOUR AU - Beckonert, O. AU - Keun, H. C. AU - Ebbels, T. M. AU - Bundy, J. AU - Holmes, E. AU - Lindon, J. C. AU - Nicholson, J. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Metabolic profiling, metabolomic and metabonomic procedures for NMR spectroscopy of urine, plasma, serum and tissue extracts JO - Nat Protoc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2007.376 DO - 10.1038/nprot.2007.376 ID - Beckonert2007 ER - TY - JOUR AU - Sarafian, M. H. AU - Lewis, M. R. AU - Pechlivanis, A. AU - Ralphs, S. AU - McPhail, M. J. AU - Patel, V. C. AU - Dumas, M. E. AU - Holmes, E. AU - Nicholson, J. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Bile acid profiling and quantification in biofluids using ultra-performance liquid chromatography tandem mass spectrometry JO - Anal Chem VL - 87 UR - https://doi.org/10.1021/acs.analchem.5b01556 DO - 10.1021/acs.analchem.5b01556 ID - Sarafian2015 ER - TY - JOUR AU - Wahlstrom, A. AU - Sayin, S. I. AU - Marschall, H. U. AU - Backhed, F. PY - 2016 DA - 2016// TI - Intestinal crosstalk between bile acids and microbiota and its impact on host metabolism JO - Cell Metab VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2016.05.005 DO - 10.1016/j.cmet.2016.05.005 ID - Wahlstrom2016 ER - TY - JOUR AU - Elliott, P. AU - Posma, J. M. AU - Chan, Q. AU - Garcia-Perez, I. AU - Wijeyesekera, A. AU - Bictash, M. AU - Ebbels, T. M. AU - Ueshima, H. AU - Zhao, L. AU - Horn, L. PY - 2015 DA - 2015// TI - Urinary metabolic signatures of human adiposity JO - Sci Transl Med. VL - 7 UR - https://doi.org/10.1126/scitranslmed.aaa5680 DO - 10.1126/scitranslmed.aaa5680 ID - Elliott2015 ER - TY - JOUR AU - Janssen, A. W. AU - Kersten, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Potential mediators linking gut bacteria to metabolic health: a critical view JO - J Physiol VL - 595 UR - https://doi.org/10.1113/JP272476 DO - 10.1113/JP272476 ID - Janssen2017 ER - TY - JOUR AU - Cotillard, A. AU - Kennedy, S. P. AU - Kong, L. C. AU - Prifti, E. AU - Pons, N. AU - Chatelier, E. AU - Almeida, M. AU - Quinquis, B. AU - Levenez, F. AU - Galleron, N. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dietary intervention impact on gut microbial gene richness JO - Nature VL - 500 UR - https://doi.org/10.1038/nature12480 DO - 10.1038/nature12480 ID - Cotillard2013 ER - TY - JOUR AU - Dao, M. C. AU - Everard, A. AU - Aron-Wisnewsky, J. AU - Sokolovska, N. AU - Prifti, E. AU - Verger, E. O. AU - Kayser, B. D. AU - Levenez, F. AU - Chilloux, J. AU - Hoyles, L. PY - 2016 DA - 2016// TI - Akkermansia muciniphila and improved metabolic health during a dietary intervention in obesity: relationship with gut microbiome richness and ecology JO - Gut VL - 65 UR - https://doi.org/10.1136/gutjnl-2014-308778 DO - 10.1136/gutjnl-2014-308778 ID - Dao2016 ER - TY - JOUR AU - Damms-Machado, A. AU - Mitra, S. AU - Schollenberger, A. E. AU - Kramer, K. M. AU - Meile, T. AU - Konigsrainer, A. AU - Huson, D. H. AU - Bischoff, S. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Effects of surgical and dietary weight loss therapy for obesity on gut microbiota composition and nutrient absorption JO - Biomed Res Int VL - 2015 UR - https://doi.org/10.1155/2015/806248 DO - 10.1155/2015/806248 ID - Damms-Machado2015 ER - TY - JOUR AU - Simoes, C. D. AU - Maukonen, J. AU - Scott, K. P. AU - Virtanen, K. A. AU - Pietilainen, K. H. AU - Saarela, M. PY - 2014 DA - 2014// TI - Impact of a very low-energy diet on the fecal microbiota of obese individuals JO - Eur J Nutr VL - 53 UR - https://doi.org/10.1007/s00394-013-0645-0 DO - 10.1007/s00394-013-0645-0 ID - Simoes2014 ER - TY - JOUR AU - Goodrich, J. K. AU - Waters, J. L. AU - Poole, A. C. AU - Sutter, J. L. AU - Koren, O. AU - Blekhman, R. AU - Beaumont, M. AU - Treuren, W. AU - Knight, R. AU - Bell, J. T. PY - 2014 DA - 2014// TI - Human genetics shape the gut microbiome JO - Cell VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.053 DO - 10.1016/j.cell.2014.09.053 ID - Goodrich2014 ER - TY - JOUR AU - Lopez-Contreras, B. E. AU - Moran-Ramos, S. AU - Villarruel-Vazquez, R. AU - Macias-Kauffer, L. AU - Villamil-Ramirez, H. AU - Leon-Mimila, P. AU - Vega-Badillo, J. AU - Sanchez-Munoz, F. AU - Llanos-Moreno, L. E. AU - Canizalez-Roman, A. PY - 2018 DA - 2018// TI - Composition of gut microbiota in obese and normal-weight Mexican school-age children and its association with metabolic traits JO - Pediatric obesity. VL - 13 UR - https://doi.org/10.1111/ijpo.12262 DO - 10.1111/ijpo.12262 ID - Lopez-Contreras2018 ER - TY - JOUR AU - Stanislawski, M. A. AU - Dabelea, D. AU - Wagner, B. D. AU - Sontag, M. K. AU - Lozupone, C. A. AU - Eggesbo, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Pre-pregnancy weight, gestational weight gain, and the gut microbiota of mothers and their infants JO - Microbiome. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/s40168-017-0332-0 DO - 10.1186/s40168-017-0332-0 ID - Stanislawski2017 ER - TY - JOUR AU - Lopez-Siles, M. AU - Duncan, S. H. AU - Garcia-Gil, L. J. AU - Martinez-Medina, M. PY - 2017 DA - 2017// TI - Faecalibacterium prausnitzii: from microbiology to diagnostics and prognostics JO - ISME J VL - 11 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2016.176 DO - 10.1038/ismej.2016.176 ID - Lopez-Siles2017 ER - TY - JOUR AU - Sonnenburg, E. D. AU - Sonnenburg, J. L. PY - 2014 DA - 2014// TI - Starving our microbial self: the deleterious consequences of a diet deficient in microbiota-accessible carbohydrates JO - Cell Metab VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2014.07.003 DO - 10.1016/j.cmet.2014.07.003 ID - Sonnenburg2014 ER - TY - JOUR AU - Roytio, H. AU - Mokkala, K. AU - Vahlberg, T. AU - Laitinen, K. PY - 2017 DA - 2017// TI - Dietary intake of fat and fibre according to reference values relates to higher gut microbiota richness in overweight pregnant women JO - Br J Nutr VL - 118 UR - https://doi.org/10.1017/S0007114517002100 DO - 10.1017/S0007114517002100 ID - Roytio2017 ER - TY - JOUR AU - Bisschop, P. H. AU - Bandsma, R. H. AU - Stellaard, F. AU - Harmsel, A. AU - Meijer, A. J. AU - Sauerwein, H. P. AU - Kuipers, F. AU - Romijn, J. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Low-fat, high-carbohydrate and high-fat, low-carbohydrate diets decrease primary bile acid synthesis in humans JO - Am J Clin Nutr VL - 79 UR - https://doi.org/10.1093/ajcn/79.4.570 DO - 10.1093/ajcn/79.4.570 ID - Bisschop2004 ER - TY - JOUR AU - Nelson, L. M. AU - Russell, R. I. PY - 1986 DA - 1986// TI - Influence of the intake and composition of elemental diets on bile acid metabolism and hepatic lipids in the rat JO - JPEN J Parenter Enteral Nutr VL - 10 UR - https://doi.org/10.1177/0148607186010004399 DO - 10.1177/0148607186010004399 ID - Nelson1986 ER - TY - JOUR AU - Festi, D. AU - Colecchia, A. AU - Larocca, A. AU - Villanova, N. AU - Mazzella, G. AU - Petroni, M. L. AU - Romano, F. AU - Roda, E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Review: low caloric intake and gall-bladder motor function JO - Aliment Pharmacol Ther VL - 14 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2036.2000.014s2051.x DO - 10.1046/j.1365-2036.2000.014s2051.x ID - Festi2000 ER - TY - JOUR AU - Kamrath, R. O. AU - Plummer, L. J. AU - Sadur, C. N. AU - Adler, M. A. AU - Strader, W. J. AU - Young, R. L. AU - Weinstein, R. L. PY - 1992 DA - 1992// TI - Cholelithiasis in patients treated with a very-low-calorie diet JO - Am J Clin Nutr VL - 56 UR - https://doi.org/10.1093/ajcn/56.1.255S DO - 10.1093/ajcn/56.1.255S ID - Kamrath1992 ER - TY - JOUR AU - Ridlon, J. M. AU - Kang, D. J. AU - Hylemon, P. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - Bile salt biotransformations by human intestinal bacteria JO - J Lipid Res VL - 47 UR - https://doi.org/10.1194/jlr.R500013-JLR200 DO - 10.1194/jlr.R500013-JLR200 ID - Ridlon2006 ER - TY - JOUR AU - Fu, Z. D. AU - Klaassen, C. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Increased bile acids in enterohepatic circulation by short-term calorie restriction in male mice JO - Toxicol Appl Pharmacol VL - 273 UR - https://doi.org/10.1016/j.taap.2013.10.020 DO - 10.1016/j.taap.2013.10.020 ID - Fu2013 ER - TY - JOUR AU - Li, T. AU - Chiang, J. Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Bile acid signaling in metabolic disease and drug therapy JO - Pharmacol Rev VL - 66 UR - https://doi.org/10.1124/pr.113.008201 DO - 10.1124/pr.113.008201 ID - Li2014 ER - TY - JOUR AU - Ridlon, J. M. AU - Bajaj, J. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - The human gut sterolbiome: bile acid-microbiome endocrine aspects and therapeutics JO - Acta Pharm Sinica B. VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.apsb.2015.01.006 DO - 10.1016/j.apsb.2015.01.006 ID - Ridlon2015 ER - TY - JOUR AU - Swann, J. R. AU - Want, E. J. AU - Geier, F. M. AU - Spagou, K. AU - Wilson, I. D. AU - Sidaway, J. E. AU - Nicholson, J. K. AU - Holmes, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Systemic gut microbial modulation of bile acid metabolism in host tissue compartments JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 108 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1006734107 DO - 10.1073/pnas.1006734107 ID - Swann2011 ER - TY - JOUR AU - Bottin, J. H. AU - Swann, J. R. AU - Cropp, E. AU - Chambers, E. S. AU - Ford, H. E. AU - Ghatei, M. A. AU - Frost, G. S. PY - 2016 DA - 2016// TI - Mycoprotein reduces energy intake and postprandial insulin release without altering glucagon-like peptide-1 and peptide tyrosine–tyrosine concentrations in healthy overweight and obese adults: a randomised-controlled trial JO - Br J Nutr VL - 116 UR - https://doi.org/10.1017/S0007114516001872 DO - 10.1017/S0007114516001872 ID - Bottin2016 ER - TY - JOUR AU - Swann, J. R. AU - Garcia-Perez, I. AU - Braniste, V. AU - Wilson, I. D. AU - Sidaway, J. E. AU - Nicholson, J. K. AU - Pettersson, S. AU - Holmes, E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Application of 1H NMR spectroscopy to the metabolic phenotyping of rodent brain extracts: a metabonomic study of gut microbial influence on host brain metabolism JO - J Pharm Biomed Anal VL - 143 UR - https://doi.org/10.1016/j.jpba.2017.05.040 DO - 10.1016/j.jpba.2017.05.040 ID - Swann2017 ER - TY - JOUR AU - Jiang, C. AU - Xie, C. AU - Lv, Y. AU - Li, J. AU - Krausz, K. W. AU - Shi, J. AU - Brocker, C. N. AU - Desai, D. AU - Amin, S. G. AU - Bisson, W. H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Intestine-selective farnesoid X receptor inhibition improves obesity-related metabolic dysfunction JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms10166 DO - 10.1038/ncomms10166 ID - Jiang2015 ER - TY - JOUR AU - Sayin, S. I. AU - Wahlstrom, A. AU - Felin, J. AU - Jantti, S. AU - Marschall, H. U. AU - Bamberg, K. AU - Angelin, B. AU - Hyotylainen, T. AU - Oresic, M. AU - Backhed, F. PY - 2013 DA - 2013// TI - Gut microbiota regulates bile acid metabolism by reducing the levels of tauro-beta-muricholic acid, a naturally occurring FXR antagonist JO - Cell Metab VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2013.01.003 DO - 10.1016/j.cmet.2013.01.003 ID - Sayin2013 ER - TY - JOUR AU - Lefebvre, P. AU - Cariou, B. AU - Lien, F. AU - Kuipers, F. AU - Staels, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Role of bile acids and bile acid receptors in metabolic regulation JO - Physiol Rev VL - 89 UR - https://doi.org/10.1152/physrev.00010.2008 DO - 10.1152/physrev.00010.2008 ID - Lefebvre2009 ER - TY - JOUR AU - Holt, J. A. AU - Luo, G. AU - Billin, A. N. AU - Bisi, J. AU - McNeill, Y. Y. AU - Kozarsky, K. F. AU - Donahee, M. AU - Wang, D. Y. AU - Mansfield, T. A. AU - Kliewer, S. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Definition of a novel growth factor-dependent signal cascade for the suppression of bile acid biosynthesis JO - Genes Dev VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1083503 DO - 10.1101/gad.1083503 ID - Holt2003 ER - TY - JOUR AU - Lundasen, T. AU - Galman, C. AU - Angelin, B. AU - Rudling, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Circulating intestinal fibroblast growth factor 19 has a pronounced diurnal variation and modulates hepatic bile acid synthesis in man JO - J Intern Med VL - 260 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-2796.2006.01731.x DO - 10.1111/j.1365-2796.2006.01731.x ID - Lundasen2006 ER - TY - JOUR AU - Monirujjaman, M. AU - Ferdouse, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Metabolic and physiological roles of branched chain amino acids JO - Adv Mol Biol VL - 2014 UR - https://doi.org/10.1155/2014/364976 DO - 10.1155/2014/364976 ID - Monirujjaman2014 ER - TY - JOUR AU - Newgard, C. B. AU - An, J. AU - Bain, J. R. AU - Muehlbauer, M. J. AU - Stevens, R. D. AU - Lien, L. F. AU - Haqq, A. M. AU - Shah, S. H. AU - Arlotto, M. AU - Slentz, C. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A branched-chain amino acid-related metabolic signature that differentiates obese and lean humans and contributes to insulin resistance JO - Cell Metab VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/j.cmet.2009.02.002 DO - 10.1016/j.cmet.2009.02.002 ID - Newgard2009 ER - TY - JOUR AU - Kelly, T. N. AU - Bazzano, L. A. AU - Ajami, N. J. AU - He, H. AU - Zhao, J. AU - Petrosino, J. F. AU - Correa, A. AU - He, J. PY - 2016 DA - 2016// TI - Gut microbiome associates with lifetime cardiovascular disease risk profile among Bogalusa heart study participants JO - Circ Res VL - 119 UR - https://doi.org/10.1161/CIRCRESAHA.116.309219 DO - 10.1161/CIRCRESAHA.116.309219 ID - Kelly2016 ER - TY - JOUR AU - Cariou, B. AU - Harmelen, K. AU - Duran-Sandoval, D. AU - Dijk, T. H. AU - Grefhorst, A. AU - Abdelkarim, M. AU - Caron, S. AU - Torpier, G. AU - Fruchart, J. C. AU - Gonzalez, F. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - The farnesoid X receptor modulates adiposity and peripheral insulin sensitivity in mice JO - J Biol Chem VL - 281 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M510258200 DO - 10.1074/jbc.M510258200 ID - Cariou2006 ER - TY - JOUR AU - Pires, R. C. AU - Souza, E. E. AU - Vanzela, E. C. AU - Ribeiro, R. A. AU - Silva-Santos, J. C. AU - Carneiro, E. M. AU - Boschero, A. C. AU - Amaral, M. E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Short-term calorie restriction improves glucose homeostasis in old rats: involvement of AMPK JO - Appl Physiol Nutr Metab VL - 39 UR - https://doi.org/10.1139/apnm-2013-0520 DO - 10.1139/apnm-2013-0520 ID - Pires2014 ER -