The TGFβ-signaling pathway and colorectal cancer: associations between dysregulated genes and miRNAs

Pellatt, Andrew J.; Mullany, Lila E.; Herrick, Jennifer S.; Sakoda, Lori C.; Wolff, Roger K.; Samowitz, Wade S.; Slattery, Martha L.

doi:10.1186/s12967-018-1566-8

Journal of Translational Medicine

Table 6 Spearman correlations between associated mRNA and miRNA by strata of clinical features (sex, age, disease stage, and survival months)

From: The TGFβ-signaling pathway and colorectal cancer: associations between dysregulated genes and miRNAs

Gene	miRNA	Sex				Age						Disease stage
		Male		Female		< 55		55–65		> 65		I		II		III		IV
		(N = 113)	p-value	(N = 94)	p-value	(N = 38)	p-value	(N = 50)	p-value	(N = 119)	p-value	(N = 55)	p-value	(N = 58)	p-value	(N = 69)	p-value	(N = 22)	p-value
RBL1	hsa-miR-1246	0.22	0.0179	0.36	0.0004	0.48	0.0024	0.24	0.0972	0.25	0.0064	0.28	0.0359	0.41	0.0013	0.14	0.2587	0.24	0.2797
	*hsa-miR-17-5p* ^a	0.35	0.0001	0.32	0.0015	0.60	< 0.0001	0.36	0.0105	0.26	0.0050	0.33	0.0146	0.06	0.6625	0.43	0.0002	0.60	0.0030
	hsa-miR-196b-5p	0.24	0.0112	0.14	0.1709	0.57	0.0002	0.21	0.1450	0.09	0.3364	0.28	0.0356	− 0.02	0.8680	0.32	0.0067	0.07	0.7549
	*hsa-miR-19b-3p*	0.27	0.0043	0.19	0.0714	0.48	0.0024	0.11	0.4631	0.22	0.0163	0.12	0.3670	0.00	0.9856	0.40	0.0007	0.51	0.0151
	*hsa-miR-20a-5p*	0.35	0.0002	0.34	0.0009	0.59	< 0.0001	0.25	0.0785	0.32	0.0005	0.38	0.0040	0.01	0.9170	0.42	0.0003	0.61	0.0024
	*hsa-miR-20b-5p*	0.30	0.0012	0.22	0.0370	0.50	0.0013	0.22	0.1250	0.20	0.0269	0.31	0.0214	0.04	0.7694	0.32	0.0080	0.53	0.0109
	hsa-miR-25-3p	0.34	0.0003	0.29	0.0052	0.62	< 0.0001	0.35	0.0118	0.25	0.0065	0.20	0.1337	0.13	0.3288	0.43	0.0002	0.62	0.0022
	hsa-miR-3651	0.26	0.0048	0.28	0.0063	0.39	0.0150	0.15	0.2986	0.28	0.0018	0.15	0.2693	0.18	0.1725	0.37	0.0016	0.52	0.0136
	hsa-miR-663b	0.25	0.0069	0.32	0.0014	0.20	0.2373	0.17	0.2269	0.33	0.0003	0.46	0.0004	0.16	0.2227	0.29	0.0146	0.26	0.2484
	hsa-miR-92a-3p	0.39	< 0.0001	0.49	< 0.0001	0.50	0.0013	0.34	0.0151	0.44	< 0.0001	0.47	0.0003	0.10	0.4560	0.52	< 0.0001	0.63	0.0016
	*hsa-miR-93-5p*	0.30	0.0013	0.21	0.0398	0.61	< 0.0001	0.34	0.0161	0.12	0.2076	0.13	0.3422	0.13	0.3188	0.29	0.0153	0.53	0.0105
TGFBR1	*hsa-let-7i-5p*	0.27	0.0037	0.26	0.0129	0.14	0.4110	0.38	0.0066	0.25	0.0068	0.10	0.4666	0.33	0.0118	0.32	0.0079	0.16	0.4775
	hsa-miR-1203	− 0.21	0.0281	− 0.24	0.0189	− 0.20	0.2245	− 0.17	0.2461	− 0.27	0.0029	− 0.02	0.9031	− 0.26	0.0453	− 0.23	0.0626	− 0.39	0.0713
	*hsa-miR-199a-3p*	0.27	0.0042	0.29	0.0050	0.34	0.0387	0.34	0.0147	0.21	0.0195	0.10	0.4583	0.35	0.0066	0.32	0.0080	0.15	0.5030
	*hsa-miR-199a-5p*	0.21	0.0240	0.29	0.0051	0.30	0.0644	0.32	0.0243	0.17	0.0703	0.20	0.1418	0.26	0.0455	0.22	0.0753	0.12	0.5974
	*hsa-miR-2117*	− 0.21	0.0262	− 0.18	0.0882	0.04	0.8019	− 0.24	0.0928	− 0.24	0.0098	− 0.10	0.4680	− 0.29	0.0261	− 0.06	0.5961	− 0.43	0.0449
	*hsa-miR-214-3p*	0.25	0.0065	0.35	0.0005	0.26	0.1148	0.32	0.0223	0.26	0.0042	0.27	0.0469	0.28	0.0311	0.26	0.0331	0.34	0.1171
	*hsa-miR-21-5p*	0.31	0.0007	0.25	0.0165	0.04	0.8139	0.30	0.0317	0.33	0.0003	0.23	0.0906	0.27	0.0393	0.26	0.0317	0.40	0.0665
	hsa-miR-23a-3p	0.23	0.0149	0.32	0.0015	0.32	0.0518	0.26	0.0645	0.25	0.0070	0.22	0.1009	0.30	0.0203	0.18	0.1376	0.43	0.0441
	*hsa-miR-24-3p*	0.28	0.0030	0.27	0.0080	0.24	0.1525	0.34	0.0164	0.26	0.0043	0.26	0.0524	0.32	0.0154	0.20	0.0953	0.42	0.0533
	*hsa-miR-331-3p*	0.25	0.0066	0.33	0.0013	0.23	0.1605	0.37	0.0086	0.27	0.0027	0.32	0.0179	0.28	0.0334	0.14	0.2477	0.55	0.0078
	*hsa-miR-6071*	− 0.11	0.2430	− 0.15	0.1401	-0.08	0.6403	− 0.07	0.6338	− 0.17	0.0580	− 0.11	0.4264	− 0.18	0.1734	− 0.17	0.1628	0.07	0.7622
TGIF2	*hsa-miR-106b-5p*	0.29	0.0018	0.10	0.3172	0.34	0.0374	0.21	0.1478	0.18	0.0526	− 0.01	0.9462	0.15	0.2745	0.20	0.0951	0.59	0.0040
	hsa-miR-1246	0.25	0.0074	0.12	0.2377	0.30	0.0669	0.20	0.1621	0.17	0.0689	0.11	0.4273	0.18	0.1708	0.21	0.0910	0.31	0.1619
	hsa-miR-1291	0.27	0.0035	0.13	0.2298	0.10	0.5614	0.18	0.2210	0.25	0.0058	− 0.02	0.8778	0.28	0.0358	0.11	0.3743	0.41	0.0590
	*hsa-miR-130b-3p*	0.24	0.0109	0.14	0.1648	0.30	0.0669	0.21	0.1521	0.16	0.0766	− 0.13	0.3298	0.25	0.0578	0.20	0.0990	0.73	0.0001
	hsa-miR-151a-3p	0.31	0.0007	0.20	0.0494	0.08	0.6183	0.29	0.0399	0.30	0.0009	0.10	0.4557	0.39	0.0024	0.28	0.0190	0.11	0.6346
	*hsa-miR-17-5p*	0.48	< 0.0001	0.37	0.0003	0.56	0.0002	0.36	0.0094	0.41	< 0.0001	0.26	0.0523	0.36	0.0061	0.40	0.0006	0.72	0.0002
	hsa-miR-193b-3p	0.27	0.0034	0.10	0.3611	0.08	0.6150	0.07	0.6147	0.26	0.0048	0.05	0.7103	0.37	0.0039	0.19	0.1218	0.04	0.8477
	hsa-miR-196a-5p	0.21	0.0254	0.18	0.0841	0.37	0.0208	0.14	0.3489	0.19	0.0423	0.08	0.5775	0.15	0.2700	0.16	0.1804	0.33	0.1328
	hsa-miR-196b-5p	0.43	< 0.0001	0.25	0.0154	0.56	0.0003	0.21	0.1349	0.30	0.0010	0.30	0.0250	0.11	0.4039	0.53	< 0.0001	0.26	0.2357
	hsa-miR-19b-3p	0.35	0.0001	0.25	0.0132	0.47	0.0030	0.26	0.0666	0.26	0.0036	0.17	0.2092	0.20	0.1263	0.34	0.0044	0.53	0.0120
	*hsa-miR-20a-5p*	0.45	< 0.0001	0.37	0.0003	0.56	0.0002	0.32	0.0254	0.41	< 0.0001	0.28	0.0360	0.32	0.0136	0.39	0.0010	0.63	0.0015
	hsa-miR-20b-5p	0.48	< 0.0001	0.20	0.0589	0.48	0.0021	0.29	0.0425	0.35	0.0001	0.25	0.0675	0.15	0.2772	0.41	0.0004	0.74	< 0.0001
	hsa-miR-221-3p	0.32	0.0005	0.00	0.9620	0.38	0.0202	− 0.11	0.4459	0.20	0.0262	− 0.04	0.7897	0.16	0.2220	0.13	0.2938	0.53	0.0111
	hsa-miR-25-3p	0.33	0.0003	0.22	0.0327	0.28	0.0921	0.26	0.0665	0.30	0.0009	0.11	0.4334	0.25	0.0632	0.33	0.0052	0.50	0.0182
	hsa-miR-361-5p	0.43	< 0.0001	− 0.03	0.7573	0.07	0.6766	− 0.01	0.9491	0.32	0.0004	− 0.06	0.6557	0.24	0.0742	0.29	0.0175	0.37	0.0902
	hsa-miR-3651	0.32	0.0006	0.21	0.0377	0.25	0.1276	0.11	0.4537	0.33	0.0002	0.07	0.6324	0.32	0.0137	0.27	0.0275	0.44	0.0417
	*hsa-miR-375*	− 0.24	0.0097	− 0.37	0.0002	− 0.25	0.1368	− 0.21	0.1422	− 0.35	< 0.0001	− 0.43	0.0010	− 0.28	0.0331	− 0.32	0.0081	0.10	0.6545
	hsa-miR-424-3p	0.48	< 0.0001	0.12	0.2327	0.29	0.0823	0.16	0.2742	0.37	< 0.0001	0.08	0.5495	0.31	0.0174	0.34	0.0048	0.74	< 0.0001
	hsa-miR-425-5p	0.22	0.0203	0.07	0.5074	0.12	0.4893	0.06	0.6913	0.19	0.0358	− 0.11	0.4253	0.24	0.0657	0.03	0.8003	0.42	0.0499
	*hsa-miR-4749-3p*	− 0.36	0.0001	− 0.34	0.0008	− 0.45	0.0044	− 0.17	0.2269	− 0.37	< 0.0001	− 0.26	0.0574	− 0.40	0.0021	− 0.24	0.0427	− 0.63	0.0018
	*hsa-miR-483-3p*	0.15	0.1210	0.18	0.0793	0.34	0.0341	0.07	0.6130	0.08	0.3592	0.08	0.5847	0.12	0.3686	0.26	0.0310	0.25	0.2672
	hsa-miR-501-3p	0.31	0.0009	0.11	0.2771	0.26	0.1095	0.09	0.5358	0.26	0.0041	0.08	0.5735	0.25	0.0558	0.19	0.1119	0.46	0.0326
	hsa-miR-583	0.16	0.0848	0.10	0.3551	0.20	0.2319	0.02	0.8934	0.16	0.0911	0.04	0.7836	0.06	0.6521	0.22	0.0653	0.44	0.0399
	hsa-miR-663b	0.43	< 0.0001	0.21	0.0466	0.31	0.0555	0.10	0.4996	0.39	< 0.0001	0.34	0.0120	0.25	0.0618	0.34	0.0048	0.52	0.0138
	hsa-miR-92a-3p	0.53	< 0.0001	0.38	0.0001	0.55	0.0004	0.40	0.0039	0.45	< 0.0001	0.37	0.0053	0.31	0.0170	0.51	< 0.0001	0.70	0.0003
	*hsa-miR-93-5p*	0.33	0.0004	0.20	0.0561	0.36	0.0244	0.21	0.1354	0.26	0.0046	0.00	0.9842	0.27	0.0414	0.26	0.0322	0.72	0.0001
INHBA	hsa-let-7i-5p	0.26	0.0058	0.36	0.0004	0.31	0.0573	0.40	0.0039	0.25	0.0059	0.20	0.1439	0.27	0.0377	0.38	0.0011	0.15	0.5063
	*hsa-miR-199a-3p*	0.37	< 0.0001	0.46	< 0.0001	0.43	0.0070	0.49	0.0003	0.38	< 0.0001	0.32	0.0187	0.46	0.0002	0.49	< 0.0001	0.17	0.4619
	hsa-miR-199a-5p	0.39	< 0.0001	0.40	< 0.0001	0.42	0.0082	0.50	0.0002	0.35	0.0001	0.30	0.0279	0.40	0.0017	0.44	0.0002	0.21	0.3442
	hsa-miR-199b-5p	0.35	0.0002	0.32	0.0015	0.37	0.0230	0.55	< 0.0001	0.24	0.0090	0.36	0.0066	0.51	< 0.0001	0.23	0.0537	0.08	0.7306
	hsa-miR-214-3p	0.42	< 0.0001	0.41	< 0.0001	0.49	0.0018	0.42	0.0023	0.37	< 0.0001	0.24	0.0764	0.43	0.0008	0.47	< 0.0001	0.44	0.0383
	*hsa-miR-21-5p*	0.29	0.0017	0.26	0.0111	0.22	0.1852	0.38	0.0059	0.27	0.0030	0.14	0.3099	0.22	0.0928	0.38	0.0011	0.40	0.0640
	hsa-miR-934	0.42	< 0.0001	0.46	< 0.0001	0.36	0.0262	0.45	0.0010	0.46	< 0.0001	0.43	0.0011	0.51	< 0.0001	0.28	0.0195	0.65	0.0012
E2F5	*hsa-miR-17-5p*	0.27	0.0033	0.35	0.0005	0.45	0.0051	0.46	0.0009	0.23	0.0103	0.33	0.0142	0.38	0.0031	0.22	0.0636	0.27	0.2295
	*hsa-miR-20a-5p*	0.23	0.0135	0.37	0.0003	0.45	0.0048	0.37	0.0081	0.23	0.0107	0.32	0.0158	0.35	0.0063	0.20	0.1013	0.31	0.1556
MYC	hsa-miR-1246	0.29	0.0019	0.17	0.0972	0.48	0.0025	0.09	0.5280	0.23	0.0127	0.22	0.0996	0.21	0.1154	0.21	0.0880	0.39	0.0763
	hsa-miR-17-5p	0.42	< 0.0001	0.43	< 0.0001	0.55	0.0003	0.22	0.1231	0.46	< 0.0001	0.30	0.0250	0.31	0.0189	0.45	0.0001	0.68	0.0005
	hsa-miR-19b-3p	0.29	0.0019	0.29	0.0048	0.42	0.0091	0.10	0.4688	0.33	0.0002	0.09	0.4995	0.22	0.0989	0.38	0.0013	0.63	0.0017
	hsa-miR-20a-5p	0.35	0.0002	0.39	0.0001	0.50	0.0012	0.15	0.2955	0.42	< 0.0001	0.24	0.0761	0.27	0.0410	0.37	0.0017	0.71	0.0002
	hsa-miR-20b-5p	0.33	0.0003	0.24	0.0179	0.46	0.0038	0.07	0.6404	0.34	0.0002	0.03	0.8454	0.21	0.1078	0.44	0.0002	0.59	0.0038
	hsa-miR-3651	0.37	< 0.0001	0.31	0.0026	0.31	0.0597	0.06	0.6713	0.44	< 0.0001	0.30	0.0266	0.22	0.0994	0.30	0.0127	0.70	0.0003
	hsa-miR-375	− 0.35	0.0001	− 0.30	0.0038	− 0.13	0.4324	− 0.31	0.0260	− 0.38	< 0.0001	− 0.27	0.0473	− 0.25	0.0604	− 0.50	< 0.0001	− 0.03	0.8791
	hsa-miR-501-3p	0.26	0.0049	0.16	0.1278	0.39	0.0154	0.13	0.3802	0.23	0.0106	− 0.01	0.9491	0.23	0.0803	0.25	0.0410	0.45	0.0372
	hsa-miR-583	0.30	0.0015	0.12	0.2596	0.37	0.0215	0.11	0.4272	0.18	0.0510	0.08	0.5845	0.29	0.0261	0.23	0.0575	0.37	0.0902
	hsa-miR-663a	0.37	< 0.0001	0.20	0.0482	0.29	0.0734	0.11	0.4509	0.36	< 0.0001	0.31	0.0193	0.25	0.0576	0.33	0.0050	0.26	0.2484
	hsa-miR-663b	0.44	< 0.0001	0.27	0.0074	0.26	0.1196	0.02	0.9154	0.49	< 0.0001	0.35	0.0083	0.29	0.0258	0.38	0.0013	0.48	0.0229
	hsa-miR-92a-3p	0.39	< 0.0001	0.35	0.0006	0.48	0.0023	0.08	0.5984	0.45	< 0.0001	0.29	0.0298	0.21	0.1149	0.40	0.0008	0.65	0.0010
THBS1	hsa-miR-145-5p	0.33	0.0003	0.24	0.0192	0.48	0.0020	− 0.02	0.9112	0.31	0.0007	0.01	0.9471	0.49	0.0001	0.35	0.0033	0.38	0.0782
TFDP1	hsa-miR-145-5p	− 0.13	0.1771	− 0.34	0.0007	− 0.37	0.0205	− 0.06	0.6888	− 0.25	0.0067	− 0.01	0.9333	− 0.36	0.0056	− 0.15	0.2204	− 0.54	0.0096
	hsa-miR-17-5p	0.42	< 0.0001	0.40	< 0.0001	0.60	< 0.0001	0.39	0.0054	0.36	< 0.0001	0.36	0.0068	0.38	0.0037	0.39	0.0010	0.76	< 0.0001
	hsa-miR-19b-3p	0.36	< 0.0001	0.31	0.0027	0.46	0.0038	0.32	0.0228	0.30	0.0008	0.19	0.1580	0.41	0.0014	0.36	0.0023	0.53	0.0105
	hsa-miR-20a-5p	0.45	< 0.0001	0.37	0.0002	0.57	0.0002	0.40	0.0044	0.36	< 0.0001	0.36	0.0067	0.40	0.0021	0.37	0.0019	0.75	< 0.0001
	hsa-miR-20b-5p	0.36	< 0.0001	0.32	0.0018	0.50	0.0012	0.32	0.0227	0.29	0.0013	0.36	0.0077	0.34	0.0090	0.27	0.0270	0.70	0.0003
	hsa-miR-21-3p	0.29	0.0015	0.26	0.0109	0.36	0.0243	0.08	0.5846	0.31	0.0006	0.20	0.1413	0.29	0.0246	0.32	0.0083	0.22	0.3260
	hsa-miR-92a-3p	0.50	< 0.0001	0.35	0.0005	0.63	< 0.0001	0.42	0.0024	0.38	< 0.0001	0.41	0.0018	0.29	0.0249	0.51	< 0.0001	0.66	0.0008

^aBolditalics text indicates seed-region match between miRNA and mRNA

Back to article page

ISSN: 1479-5876

Contact us

Submission enquiries: Access here and click Contact Us
General enquiries: info@biomedcentral.com