TY - JOUR AU - Lander, E. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Initial impact of the sequencing of the human genome JO - Nature VL - 470 UR - https://doi.org/10.1038/nature09792 DO - 10.1038/nature09792 ID - Lander2011 ER - TY - JOUR AU - Brahmachari, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Introducing the medical bioinformatics in Journal of Translational Medicine JO - J Transl Med VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1479-5876-10-202 DO - 10.1186/1479-5876-10-202 ID - Brahmachari2012 ER - TY - JOUR AU - Paulson, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Epidemiology: a mortal foe JO - Nature VL - 502 UR - https://doi.org/10.1038/502S2a DO - 10.1038/502S2a ID - Paulson2013 ER - TY - JOUR AU - Gandhi, N. R. AU - Nunn, P. AU - Dheda, K. AU - Schaaf, H. S. AU - Zignol, M. AU - van Soolingen, D. AU - Jensen, P. AU - Bayona, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis: a threat to global control of tuberculosis JO - Lancet VL - 375 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(10)60410-2 DO - 10.1016/S0140-6736(10)60410-2 ID - Gandhi2010 ER - TY - JOUR AU - Scully, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Tuberculosis JO - Nature VL - 502 UR - https://doi.org/10.1038/502S1a DO - 10.1038/502S1a ID - Scully2013 ER - TY - JOUR AU - Casali, N. AU - Nikolayevskyy, V. AU - Balabanova, Y. AU - Harris, S. R. AU - Ignatyeva, O. AU - Kontsevaya, I. AU - Corander, J. AU - Bryant, J. AU - Parkhill, J. AU - Nejentsev, S. AU - Horstmann, R. D. AU - Brown, T. AU - Drobniewski, F. PY - 2014 DA - 2014// TI - Evolution and transmission of drug-resistant tuberculosis in a Russian population JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2878 DO - 10.1038/ng.2878 ID - Casali2014 ER - TY - JOUR AU - Farhat, M. R. AU - Shapiro, B. J. AU - Kieser, K. J. AU - Sultana, R. AU - Jacobson, K. R. AU - Victor, T. C. AU - Warren, R. M. AU - Streicher, E. M. AU - Calver, A. AU - Sloutsky, A. AU - Kaur, D. AU - Posey, J. E. AU - Plikaytis, B. AU - Oggioni, M. R. AU - Gardy, J. L. AU - Johnston, J. C. AU - Rodrigues, M. AU - Tang, P. K. C. AU - Kato-Maeda, M. AU - Borowsky, M. L. AU - Muddukrishna, B. AU - Kreiswirth, B. N. AU - Kurepina, N. AU - Galagan, J. AU - Gagneux, S. AU - Birren, B. AU - Rubin, E. J. AU - Lander, E. S. AU - Sabeti, P. C. AU - Murray, M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genomic analysis identifies targets of convergent positive selection in drug-resistant Mycobacterium tuberculosis JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2747 DO - 10.1038/ng.2747 ID - Farhat2013 ER - TY - JOUR AU - Safi, H. AU - Lingaraju, S. AU - Amin, A. AU - Kim, S. AU - Jones, M. AU - Holmes, M. AU - McNeil, M. AU - Peterson, S. N. AU - Chatterjee, D. AU - Fleischmann, R. AU - Alland, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Evolution of high-level ethambutol-resistant tuberculosis through interacting mutations in decaprenylphosphoryl-[beta]-D-arabinose biosynthetic and utilization pathway genes JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2743 DO - 10.1038/ng.2743 ID - Safi2013 ER - TY - JOUR AU - Zhang, H. AU - Li, D. AU - Zhao, L. AU - Fleming, J. AU - Lin, N. AU - Wang, T. AU - Liu, Z. AU - Li, C. AU - Galwey, N. AU - Deng, J. AU - Zhou, Y. AU - Zhu, Y. AU - Gao, Y. AU - Wang, T. AU - Wang, S. AU - Huang, Y. AU - Wang, M. AU - Zhong, Q. AU - Zhou, L. AU - Chen, T. AU - Zhou, J. AU - Yang, R. AU - Zhu, G. AU - Hang, H. AU - Zhang, J. AU - Li, F. AU - Wan, K. AU - Wang, J. AU - Zhang, X. E. AU - Bi, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - Genome sequencing of 161 Mycobacterium tuberculosis isolates from China identifies genes and intergenic regions associated with drug resistance JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2735 DO - 10.1038/ng.2735 ID - Zhang2013 ER - TY - JOUR AU - Balaban, N. Q. AU - Merrin, J. AU - Chait, R. AU - Kowalik, L. AU - Leibler, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bacterial persistence as a phenotypic switch JO - Science VL - 305 UR - https://doi.org/10.1126/science.1099390 DO - 10.1126/science.1099390 ID - Balaban2004 ER - TY - JOUR AU - Cohen, N. R. AU - Lobritz, M. A. AU - Collins, J. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Microbial persistence and the road to drug resistance JO - Cell Host Microbe VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.05.009 DO - 10.1016/j.chom.2013.05.009 ID - Cohen2013 ER - TY - JOUR AU - Lewis, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Persister cells JO - Annu Rev Microbiol VL - 64 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.112408.134306 DO - 10.1146/annurev.micro.112408.134306 ID - Lewis2010 ER - TY - JOUR AU - Nikaido, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Multidrug resistance in bacteria JO - Annu Rev Biochem VL - 78 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.78.082907.145923 DO - 10.1146/annurev.biochem.78.082907.145923 ID - Nikaido2009 ER - TY - JOUR AU - Andersson, D. I. AU - Hughes, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene amplification and adaptive evolution in bacteria JO - Annu Rev Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1146/annurev-genet-102108-134805 DO - 10.1146/annurev-genet-102108-134805 ID - Andersson2009 ER - TY - JOUR AU - Jacoby, G. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mechanisms of resistance to quinolones JO - Clin Infect Dis VL - 41 UR - https://doi.org/10.1086/428052 DO - 10.1086/428052 ID - Jacoby2005 ER - TY - JOUR AU - Robicsek, A. AU - Strahilevitz, J. AU - Jacoby, G. A. AU - Macielag, M. AU - Abbanat, D. AU - Hye Park, C. AU - Bush, K. AU - Hooper, D. C. PY - 2006 DA - 2006// TI - Fluoroquinolone-modifying enzyme: a new adaptation of a common aminoglycoside acetyltransferase JO - Nat Med VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nm1347 DO - 10.1038/nm1347 ID - Robicsek2006 ER - TY - STD TI - Antimicrobial Resistance Global Report on Surveillance. 2014, World Health Organization, France ID - ref17 ER - TY - JOUR AU - Szlezak, N. AU - Evers, M. AU - Wang, J. AU - Perez, L. PY - 2014 DA - 2014// TI - The role of big data and advanced analytics in drug discovery, development, and commercialization JO - Clin Pharmacol Ther VL - 95 UR - https://doi.org/10.1038/clpt.2014.29 DO - 10.1038/clpt.2014.29 ID - Szlezak2014 ER - TY - JOUR AU - Bhardwaj, A. AU - Scaria, V. AU - Raghava, G. P. AU - Lynn, A. M. AU - Chandra, N. AU - Banerjee, S. AU - Raghunandanan, M. V. AU - Pandey, V. AU - Taneja, B. AU - Yadav, J. AU - Dash, D. AU - Bhattacharya, J. AU - Misra, A. AU - Kumar, A. AU - Ramachandran, S. AU - Thomas, Z. AU - Brahmachari, S. K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Open source drug-discovery - A new paradigm of collaborative research in tuberculosis drug development JO - Tuberculosis (Edinb) VL - 91 ID - Bhardwaj2011 ER - TY - JOUR AU - Singh, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - India takes an open source approach to drug discovery JO - Cell VL - 133 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.04.003 DO - 10.1016/j.cell.2008.04.003 ID - Singh2008 ER - TY - JOUR AU - Vashisht, R. AU - Bhardwaj, A. AU - Consortium, O. AU - Brahmachari, S. K. PY - 2013 DA - 2013// TI - Social networks to biological networks: systems biology of Mycobacterium tuberculosis JO - Mol BioSyst VL - 9 UR - https://doi.org/10.1039/c3mb25546h DO - 10.1039/c3mb25546h ID - Vashisht2013 ER - TY - JOUR AU - Vashisht, R. AU - Mondal, A. K. AU - Jain, A. AU - Shah, A. AU - Vishnoi, P. AU - Priyadarshini, P. AU - Bhattacharyya, K. AU - Rohira, H. AU - Bhat, A. G. AU - Passi, A. AU - Mukherjee, K. AU - Choudhary, K. S. AU - Kumar, V. AU - Arora, A. AU - Munusamy, P. AU - Subramanian, A. AU - Venkatachalam, A. AU - Gayathri, S. AU - Raj, S. AU - Chitra, V. AU - Verma, K. AU - Zaheer, S. AU - Balaganesh, J. AU - Gurusamy, M. AU - Razeeth, M. AU - Raja, I. AU - Thandapani, M. AU - Mevada, V. AU - Soni, R. AU - Rana, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Crowd sourcing a new paradigm for interactome driven drug target identification in Mycobacterium tuberculosis JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0039808 DO - 10.1371/journal.pone.0039808 ID - Vashisht2012 ER - TY - JOUR AU - Anand, P. AU - Sankaran, S. AU - Mukherjee, S. AU - Yeturu, K. AU - Laskowski, R. AU - Bhardwaj, A. AU - Bhagavat, R. AU - Brahmachari, S. K. AU - Chandra, N. AU - Consortium, O. PY - 2011 DA - 2011// TI - Structural annotation of Mycobacterium tuberculosis proteome JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0027044 DO - 10.1371/journal.pone.0027044 ID - Anand2011 ER - TY - JOUR AU - Jamshidi, N. AU - Palsson, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Investigating the metabolic capabilities of Mycobacterium tuberculosis H37Rv using the in silico strain iNJ661 and proposing alternative drug targets JO - BMC Syst Biol VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-1-26 DO - 10.1186/1752-0509-1-26 ID - Jamshidi2007 ER - TY - JOUR AU - Thiele, I. AU - Palsson, B. O. PY - 2010 DA - 2010// TI - A protocol for generating a high-quality genome-scale metabolic reconstruction JO - Nat Protocols VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2009.203 DO - 10.1038/nprot.2009.203 ID - Thiele2010 ER - TY - JOUR AU - Camus, J. -. C. AU - Pryor, M. J. AU - Mcdigue, C. AU - Cole, S. T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Re-annotation of the genome sequence of Mycobacterium tuberculosis H37Rv JO - Microbiology VL - 148 UR - https://doi.org/10.1099/00221287-148-10-2967 DO - 10.1099/00221287-148-10-2967 ID - Camus2002 ER - TY - JOUR AU - Cole, S. T. AU - Brosch, R. AU - Parkhill, J. AU - Garnier, T. AU - Churcher, C. AU - Harris, D. AU - Gordon, S. V. AU - Eiglmeier, K. AU - Gas, S. AU - Barry, C. E. AU - Tekaia, F. AU - Badcock, K. AU - Basham, D. AU - Brown, D. AU - Chillingworth, T. AU - Connor, R. AU - Davies, R. AU - Devlin, K. AU - Feltwell, T. AU - Gentles, S. AU - Hamlin, N. AU - Holroyd, S. AU - Hornsby, T. AU - Jagels, K. AU - Krogh, A. AU - McLean, J. AU - Moule, S. AU - Murphy, L. AU - Oliver, K. AU - Osborne, J. PY - 1998 DA - 1998// TI - Deciphering the biology of Mycobacterium tuberculosis from the complete genome sequence JO - Nature VL - 393 UR - https://doi.org/10.1038/31159 DO - 10.1038/31159 ID - Cole1998 ER - TY - JOUR AU - Beste, D. AU - Hooper, T. AU - Stewart, G. AU - Bonde, B. AU - Avignone-Rossa, C. AU - Bushell, M. AU - Wheeler, P. AU - Klamt, S. AU - Kierzek, A. AU - McFadden, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - GSMN-TB: a web-based genome-scale network model of Mycobacterium tuberculosis metabolism JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-5-r89 DO - 10.1186/gb-2007-8-5-r89 ID - Beste2007 ER - TY - JOUR AU - Fang, X. AU - Wallqvist, A. AU - Reifman, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Development and analysis of an in vivo-compatible metabolic network of Mycobacterium tuberculosis JO - BMC Syst Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-4-160 DO - 10.1186/1752-0509-4-160 ID - Fang2010 ER - TY - JOUR AU - Purwantini, E. AU - Mukhopadhyay, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Conversion of NO2 to NO by reduced coenzyme F420 protects mycobacteria from nitrosative damage JO - Proc Natl Acad Sci VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0812883106 DO - 10.1073/pnas.0812883106 ID - Purwantini2009 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. AU - Sato, Y. AU - Furumichi, M. AU - Tanabe, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular data sets JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr988 DO - 10.1093/nar/gkr988 ID - Kanehisa2012 ER - TY - JOUR AU - Orth, J. D. AU - Thiele, I. AU - Palsson, B. O. PY - 2010 DA - 2010// TI - What is flux balance analysis? JO - Nat Biotech VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1614 DO - 10.1038/nbt.1614 ID - Orth2010 ER - TY - JOUR AU - Cox, R. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - Quantitative relationships for specific growth rates and macromolecular compositions of Mycobacterium tuberculosis, Streptomyces coelicolor A3(2) and Escherichia coli B/r: an integrative theoretical approach JO - Microbiology VL - 150 UR - https://doi.org/10.1099/mic.0.26560-0 DO - 10.1099/mic.0.26560-0 ID - Cox2004 ER - TY - JOUR AU - James, B. W. AU - Williams, A. AU - Marsh, P. D. PY - 2000 DA - 2000// TI - The physiology and pathogenicity of Mycobacterium tuberculosis grown under controlled conditions in a defined medium JO - J Appl Microbiol VL - 88 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2672.2000.01020.x DO - 10.1046/j.1365-2672.2000.01020.x ID - James2000 ER - TY - JOUR AU - Ravasz, E. AU - Somera, A. L. AU - Mongru, D. A. AU - Oltvai, Z. N. AU - Barabasi, A. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Hierarchical organization of modularity in metabolic networks JO - Science VL - 297 UR - https://doi.org/10.1126/science.1073374 DO - 10.1126/science.1073374 ID - Ravasz2002 ER - TY - JOUR AU - Arnvig, K. B. AU - Comas, I. AU - Thomson, N. R. AU - Houghton, J. AU - Boshoff, H. I. AU - Croucher, N. J. AU - Rose, G. AU - Perkins, T. T. AU - Parkhill, J. AU - Dougan, G. AU - Young, D. B. PY - 2011 DA - 2011// TI - Sequence-based analysis uncovers an abundance of non-coding RNA in the total transcriptome of mycobacterium tuberculosis JO - PLoS Pathog VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1002342 DO - 10.1371/journal.ppat.1002342 ID - Arnvig2011 ER - TY - JOUR AU - Lewis, N. E. AU - Hixson, K. K. AU - Conrad, T. M. AU - Lerman, J. A. AU - Charusanti, P. AU - Polpitiya, A. D. AU - Adkins, J. N. AU - Schramm, G. AU - Purvine, S. O. AU - Lopez‚AeFerrer, D. AU - Karl, K. AU - Elis, R. AU - Kong, R. AU - Smith, R. D. AU - Palsson, O. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Omic data from evolved E. coli are consistent with computed optimal growth from genome-scale models JO - Mol Syst Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2010.47 DO - 10.1038/msb.2010.47 ID - Lewis2010 ER - TY - JOUR AU - Schubert, O. T. AU - Mouritsen, J. AU - Ludwig, C. AU - Rost, H. L. AU - Rosenberger, G. AU - Arthur, P. K. AU - Claassen, M. AU - Campbell, D. S. AU - Sun, Z. AU - Farrah, T. AU - Gengenbacher, M. AU - Maiolica, A. AU - Kaufmann, S. H. E. AU - Moritz, R. L. AU - Aebersold, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - The Mtb proteome library: a resource of assays to quantify the complete proteome of Mycobacterium tuberculosis JO - Cell Host Microbe VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2013.04.008 DO - 10.1016/j.chom.2013.04.008 ID - Schubert2013 ER - TY - JOUR AU - Ryndak, M. AU - Wang, S. AU - Smith, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - PhoP, a key player in Mycobacterium tuberculosis virulence JO - Trends Microbiol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.tim.2008.08.006 DO - 10.1016/j.tim.2008.08.006 ID - Ryndak2008 ER - TY - JOUR AU - Abomoelak, B. AU - Hoye, E. A. AU - Chi, J. AU - Marcus, S. A. AU - Laval, F. AU - Bannantine, J. P. AU - Ward, S. K. AU - DaffÈ, M. AU - Liu, H. D. AU - Talaat, A. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - mosR, a novel transcriptional regulator of hypoxia and virulence in Mycobacterium tuberculosis JO - J Bacteriol VL - 191 UR - https://doi.org/10.1128/JB.00778-09 DO - 10.1128/JB.00778-09 ID - Abomoelak2009 ER - TY - JOUR AU - Manganelli, R. AU - Voskuil, M. I. AU - Schoolnik, G. K. AU - Smith, I. PY - 2001 DA - 2001// TI - The Mycobacterium tuberculosis ECF sigma factor σE: role in global gene expression and survival in macrophages† JO - Mol Microbiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1046/j.1365-2958.2001.02525.x DO - 10.1046/j.1365-2958.2001.02525.x ID - Manganelli2001 ER - TY - JOUR AU - Wakamoto, Y. AU - Dhar, N. AU - Chait, R. AU - Schneider, K. AU - Signorino-Gelo, F. AU - Leibler, S. AU - McKinney, J. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Dynamic persistence of antibiotic-stressed mycobacteria JO - Science VL - 339 UR - https://doi.org/10.1126/science.1229858 DO - 10.1126/science.1229858 ID - Wakamoto2013 ER - TY - JOUR AU - Rotem, E. AU - Loinger, A. AU - Ronin, I. AU - Levin-Reisman, I. AU - Gabay, C. AU - Shoresh, N. AU - Biham, O. AU - Balaban, N. Q. PY - 2010 DA - 2010// TI - Regulation of phenotypic variability by a threshold-based mechanism underlies bacterial persistence JO - Proc Natl Acad Sci VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1004333107 DO - 10.1073/pnas.1004333107 ID - Rotem2010 ER - TY - JOUR AU - Shah, D. AU - Zhang, Z. AU - Khodursky, A. AU - Kaldalu, N. AU - Kurg, K. AU - Lewis, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - Persisters: a distinct physiological state of E. coli JO - BMC Microbiol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2180-6-53 DO - 10.1186/1471-2180-6-53 ID - Shah2006 ER - TY - JOUR AU - Dorr, T. AU - Lewis, K. AU - Vulic, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - SOS response induces persistence to fluoroquinolones in Escherichia coli JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000760 DO - 10.1371/journal.pgen.1000760 ID - Dorr2009 ER - TY - JOUR AU - Veening, J. -. W. AU - Smits, W. K. AU - Kuipers, O. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Bistability, epigenetics, and bet-hedging in bacteria JO - Annu Rev Microbiol VL - 62 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.micro.62.081307.163002 DO - 10.1146/annurev.micro.62.081307.163002 ID - Veening2008 ER - TY - JOUR AU - Eldar, A. AU - Elowitz, M. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Functional roles for noise in genetic circuits JO - Nature VL - 467 UR - https://doi.org/10.1038/nature09326 DO - 10.1038/nature09326 ID - Eldar2010 ER - TY - JOUR AU - Raj, A. AU - van Oudenaarden, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Nature, nurture, or chance: stochastic gene expression and its consequences JO - Cell VL - 135 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.09.050 DO - 10.1016/j.cell.2008.09.050 ID - Raj2008 ER - TY - JOUR AU - Alliance, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Handbook of anti-tuberculosis agents JO - Tuberculosis VL - 88 ID - Alliance2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, F. AU - Sambandan, D. AU - Halder, R. AU - Wang, J. AU - Batt, S. M. AU - Weinrick, B. AU - Ahmad, I. AU - Yang, P. AU - Zhang, Y. AU - Kim, J. AU - Hassani, M. AU - Huszar, S. AU - Trefzer, C. AU - Ma, Z. AU - Kaneko, T. AU - Mdluli, K. E. AU - Franzblau, S. AU - Chatterjee, A. K. AU - Johnsson, K. AU - Mikusova, K. AU - Besra, G. S. AU - Fütterer, K. AU - Robbins, S. H. AU - Barnes, S. W. AU - Walker, J. R. AU - Jacobs, W. R. AU - Schultz, P. G. PY - 2013 DA - 2013// TI - Identification of a small molecule with activity against drug-resistant and persistent tuberculosis JO - Proc Natl Acad Sci VL - 110 ID - Wang2013 ER - TY - JOUR AU - Safi, H. AU - Sayers, B. AU - Hazbn, M. H. AU - Alland, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Transfer of embB Codon 306 Mutations into Clinical Mycobacterium tuberculosis Strains Alters Susceptibility to Ethambutol, Isoniazid, and Rifampin JO - Antimicrob Agents Chemother VL - 52 UR - https://doi.org/10.1128/AAC.01486-07 DO - 10.1128/AAC.01486-07 ID - Safi2008 ER - TY - JOUR AU - Karakousis, P. C. AU - Williams, E. P. AU - Bishai, W. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Altered expression of isoniazid-regulated genes in drug-treated dormant Mycobacterium tuberculosis JO - J Antimicrob Chemother VL - 61 UR - https://doi.org/10.1093/jac/dkm485 DO - 10.1093/jac/dkm485 ID - Karakousis2008 ER - TY - JOUR AU - Bai, G. AU - McCue, L. A. AU - McDonough, K. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Characterization of Mycobacterium tuberculosis Rv3676 (CRPMt), a Cyclic AMP Receptor Protein-Like DNA Binding Protein JO - J Bacteriol VL - 187 UR - https://doi.org/10.1128/JB.187.22.7795-7804.2005 DO - 10.1128/JB.187.22.7795-7804.2005 ID - Bai2005 ER - TY - JOUR AU - Keren, I. AU - Minami, S. AU - Rubin, E. AU - Lewis, K. PY - 2011 DA - 2011// TI - Characterization and Transcriptome Analysis of Mycobacterium tuberculosis Persisters JO - mBio VL - 2 UR - https://doi.org/10.1128/mBio.00100-11 DO - 10.1128/mBio.00100-11 ID - Keren2011 ER - TY - JOUR AU - Boshoff, H. I. M. AU - Myers, T. G. AU - Copp, B. R. AU - McNeil, M. R. AU - Wilson, M. A. AU - Barry, C. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - The transcriptional responses of mycobacterium tuberculosis to inhibitors of metabolism: NOVEL INSIGHTS INTO DRUG MECHANISMS OF ACTION JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M406796200 DO - 10.1074/jbc.M406796200 ID - Boshoff2004 ER - TY - JOUR AU - Boshoff, H. I. M. AU - Xu, X. AU - Tahlan, K. AU - Dowd, C. S. AU - Pethe, K. AU - Camacho, L. R. AU - Park, T. -. H. AU - Yun, C. -. S. AU - Schnappinger, D. AU - Ehrt, S. AU - Kerstin, J. W. AU - Barry, E. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Biosynthesis and recycling of nicotinamide cofactors in Mycobacterium tuberculosis: an essential role for NAD in Nonreplicating Bacilli JO - J Biol Chem VL - 283 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M800694200 DO - 10.1074/jbc.M800694200 ID - Boshoff2008 ER - TY - JOUR AU - Kim, J. -. H. AU - ÄôBrien, K. M. AU - Sharma, R. AU - Boshoff, H. I. M. AU - Rehren, G. AU - Chakraborty, S. AU - Wallach, J. B. AU - Monteleone, M. AU - Wilson, D. J. AU - Aldrich, C. C. AU - Barry, C. E. AU - Rhee, K. Y. AU - Ehrt, S. AU - Schnappinger, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - A genetic strategy to identify targets for the development of drugs that prevent bacterial persistence JO - Proc Natl Acad Sci VL - 110 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1315860110 DO - 10.1073/pnas.1315860110 ID - Kim2013 ER - TY - JOUR AU - Kalscheuer, R. AU - Weinrick, B. AU - Veeraraghavan, U. AU - Besra, G. S. AU - Jacobs, W. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Trehalose-recycling ABC transporter LpqY-SugA-SugB-SugC is essential for virulence of Mycobacterium tuberculosis JO - Proc Natl Acad Sci VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1014642108 DO - 10.1073/pnas.1014642108 ID - Kalscheuer2010 ER - TY - JOUR AU - Andries, K. AU - Verhasselt, P. AU - Guillemont, J. AU - Gohlmann, H. W. H. AU - Neefs, J. -. M. AU - Winkler, H. AU - Van Gestel, J. AU - Timmerman, P. AU - Zhu, M. AU - Lee, E. AU - Williams, P. AU - Chaffoy, D. AU - Huitric, E. AU - Hoffner, S. AU - Cambau, E. AU - Pernot, C. T. AU - Lounis, N. AU - Jarlier, V. PY - 2005 DA - 2005// TI - A Diarylquinoline Drug Active on the ATP Synthase of Mycobacterium tuberculosis JO - Science VL - 307 UR - https://doi.org/10.1126/science.1106753 DO - 10.1126/science.1106753 ID - Andries2005 ER - TY - JOUR AU - Camacho, L. R. AU - Constant, P. AU - Raynaud, C. AU - Lanoelle, M. -. A. AU - Triccas, J. A. AU - Gicquel, B. AU - Daffo, M. AU - Guilhot, C. PY - 2001 DA - 2001// TI - Analysis of the Phthiocerol Dimycocerosate Locus of Mycobacterium tuberculosis : Evidence that this lipid is involved in the cell wall permeability barrier JO - J Biol Chem VL - 276 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M100662200 DO - 10.1074/jbc.M100662200 ID - Camacho2001 ER - TY - JOUR AU - Azad, A. K. AU - Sirakova, T. D. AU - Fernandes, N. D. AU - Kolattukudy, P. E. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gene knockout reveals a novel gene cluster for the synthesis of a class of cell wall lipids unique to pathogenic mycobacteria JO - J Biol Chem VL - 272 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.272.27.16741 DO - 10.1074/jbc.272.27.16741 ID - Azad1997 ER - TY - JOUR AU - Besra, G. S. AU - Morehouse, C. B. AU - Rittner, C. M. AU - Waechter, C. J. AU - Brennan, P. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Biosynthesis of Mycobacterial Lipoarabinomannan JO - J Biol Chem VL - 272 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.272.29.18460 DO - 10.1074/jbc.272.29.18460 ID - Besra1997 ER - TY - JOUR AU - Chatterjee, D. AU - Khoo, K. -. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Mycobacterial lipoarabinomannan: an extraordinary lipoheteroglycan with profound physiological effects JO - Glycobiology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/glycob/8.2.113 DO - 10.1093/glycob/8.2.113 ID - Chatterjee1998 ER - TY - JOUR AU - Altendorf, K. AU - Voelkner, P. AU - Puppe, W. PY - 1994 DA - 1994// TI - The sensor kinase KdpD and the response regulator KdpE control expression of the kdpFABC operon in Escherichia coli JO - Res Microbiol VL - 145 UR - https://doi.org/10.1016/0923-2508(94)90084-1 DO - 10.1016/0923-2508(94)90084-1 ID - Altendorf1994 ER - TY - STD TI - Kana BDME, Schechter N, Teh J-S, Rubin H, Mizrahi V: Electron transport and respiration in mycobacteria. Horizon Scientific Press; 2009. ID - ref65 ER - TY - JOUR AU - Brynildsen, M. P. AU - Winkler, J. A. AU - Spina, C. S. AU - MacDonald, I. C. AU - Collins, J. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Potentiating antibacterial activity by predictably enhancing endogenous microbial ROS production JO - Nat Biotech VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2458 DO - 10.1038/nbt.2458 ID - Brynildsen2013 ER - TY - JOUR AU - Allison, K. R. AU - Brynildsen, M. P. AU - Collins, J. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - Metabolite-enabled eradication of bacterial persisters by aminoglycosides JO - Nature VL - 473 UR - https://doi.org/10.1038/nature10069 DO - 10.1038/nature10069 ID - Allison2011 ER - TY - JOUR AU - Rossi, E. D. AU - Aínsa, J. A. AU - Riccardi, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Role of mycobacterial efflux transporters in drug resistance: an unresolved question JO - FEMS Microbiol Rev VL - 30 UR - https://doi.org/10.1111/j.1574-6976.2005.00002.x DO - 10.1111/j.1574-6976.2005.00002.x ID - Rossi2006 ER - TY - JOUR AU - Bordbar, A. AU - Lewis, N. E. AU - Schellenberger, J. AU - Palsson, B. O. AU - Jamshidi, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - Insight into human alveolar macrophage and M. tuberculosis interactions via metabolic reconstructions JO - Mol Syst Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2010.68 DO - 10.1038/msb.2010.68 ID - Bordbar2010 ER -