TY - JOUR AU - Maier, D. AU - Kalus, W. AU - Wolff, M. AU - Kalko, S. G. AU - Roca, J. AU - Marin de Mas, I. AU - Turan, N. AU - Cascante, M. AU - Falciani, F. AU - Hernandez, M. AU - Villà-Freixa, J. AU - Losko, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Knowledge management for systems biology a general and visually driven framework applied to translational medicine JO - BMC Syst Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-5-38 DO - 10.1186/1752-0509-5-38 ID - Maier2011 ER - TY - JOUR AU - Gomez-Cabrero, D. AU - Lluch-Ariet, M. AU - Tegner, J. AU - Cascante, M. AU - Miralles, F. AU - Roca, J. AU - Synergy-COPD, c. o. n. s. o. r. t. i. u. m. PY - 2014 DA - 2014// TI - Synergy-COPD: A systems Approach for understanding and managing Chronic Diseases JO - Journal of Translational Medicine VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1479-5876-12-S2-S2 DO - 10.1186/1479-5876-12-S2-S2 ID - Gomez-Cabrero2014 ER - TY - JOUR AU - Losko, S. AU - Heumann, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Semantic data integration and knowledge management to represent biological network associations JO - Methods Mol Biol Clifton NJ VL - 563 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-60761-175-2_13 DO - 10.1007/978-1-60761-175-2_13 ID - Losko2009 ER - TY - STD TI - Cascante M, de Atauri P, Gomez-Cabrero D, Wagner PD, Centelles JJ, Marin S, Cano I, Velickovski F, Marin de Mas I, Maier D, Roca J, Sabatier P: Workforce preparation: The Biohealth Computing Model for Master and PhD students. BMC J Transl Med to appear. ID - ref4 ER - TY - CHAP AU - Huertas Migueláñez, M. M. AU - Cecaroni, L. PY - 2013 DA - 2013// TI - A simulation and integration environment for heterogeneous physiology-models BT - IEEE 15th Int Conf E-Health Netw Appl Serv Heal 2013 ID - Huertas Migueláñez2013 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - STD TI - The international conference for the tenth revision of the International Classification of Diseases. Strengthening of Epidemiological and Statistical Services Unit. World Health Organization, Geneva. World Health Stat Q Rapp Trimest Stat Sanit Mond. 1990, 43: 204-245. retrieved from the Centres for Disease Control and Prevention at, [http://www.cdc.gov/nchs/icd/icd10cm.htm] UR - http://www.cdc.gov/nchs/icd/icd10cm.htm ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Hucka, M. AU - Finney, A. AU - Sauro, H. M. AU - Bolouri, H. AU - Doyle, J. C. AU - Kitano, H. AU - Arkin, A. P. AU - Bornstein, B. J. AU - Bray, D. AU - Cornish-Bowden, A. AU - Cuellar, A. A. AU - Dronov, S. AU - Gilles, E. D. AU - Ginkel, M. AU - Gor, V. AU - Goryanin, I. I. AU - Hedley, W. J. AU - Hodgman, T. C. AU - Hofmeyr, J. -. H. AU - Hunter, P. J. AU - Juty, N. S. AU - Kasberger, J. L. AU - Kremling, A. AU - Kummer, U. AU - Le Novère, N. AU - Loew, L. M. AU - Lucio, D. AU - Mendes, P. AU - Minch, E. AU - Mjolsness, E. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models JO - Bioinforma Oxf Engl VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg015 DO - 10.1093/bioinformatics/btg015 ID - Hucka2003 ER - TY - STD TI - Health Level Seven International - Homepage. [http://www.hl7.org/index.cfm?ref=nav] UR - http://www.hl7.org/index.cfm?ref=nav ID - ref9 ER - TY - JOUR AU - Bard, J. B. L. AU - Rhee, S. Y. PY - 2004 DA - 2004// TI - Ontologies in biology: design, applications and future challenges JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1295 DO - 10.1038/nrg1295 ID - Bard2004 ER - TY - STD TI - Velickovski F, Ceccaroni L, Roca J, Burgos F, Gáldiz JB, Nueria M, Lluch-Ariet M: Clinical Decision Support Systems (CDSS) for preventive management of COPD patients. BMC J Transl Med to appear. ID - ref11 ER - TY - JOUR AU - Barreiro, E. AU - Sznajder, J. I. PY - 2013 DA - 2013// TI - Epigenetic regulation of muscle phenotype and adaptation: a potential role in COPD muscle dysfunction JO - J Appl Physiol Bethesda Md 1985 VL - 114 ID - Barreiro2013 ER - TY - JOUR AU - Goh, K. I. AU - Cusick, M. E. AU - Valle, D. AU - Childs, B. AU - Vidal, M. AU - Barabási, A. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - The human disease network JO - Proc Natl Acad Sci VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0701361104 DO - 10.1073/pnas.0701361104 ID - Goh2007 ER - TY - JOUR AU - Hidalgo, C. A. AU - Blumm, N. AU - Barabasi, A. L. AU - Christakis, N. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A dynamic network approach for the study of human phenotypes JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000353 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000353 ID - Hidalgo2009 ER - TY - JOUR AU - Griffiths-Jones, S. AU - Grocock, R. J. AU - van Dongen, S. AU - Bateman, A. AU - Enright, A. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj112 DO - 10.1093/nar/gkj112 ID - Griffiths-Jones2006 ER - TY - JOUR AU - Zheng, G. AU - Tu, K. AU - Yang, Q. AU - Xiong, Y. AU - Wei, C. AU - Xie, L. AU - Zhu, Y. AU - Li, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - ITFP: an integrated platform of mammalian transcription factors JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn439 DO - 10.1093/bioinformatics/btn439 ID - Zheng2008 ER - TY - JOUR AU - Garcia-Aymerich, J. AU - Gómez, F. P. AU - Antó, J. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phenotypic characterization and course of chronic obstructive pulmonary disease in the PAC-COPD Study: design and methods JO - Arch Bronconeumol VL - 45 ID - Garcia-Aymerich2009 ER - TY - JOUR AU - Rogers, F. B. PY - 1963 DA - 1963// TI - Medical subject headings JO - Bull Med Libr Assoc VL - 51 ID - Rogers1963 ER - TY - JOUR AU - SLEE, V. N. PY - 1978 DA - 1978// TI - The International Classification of Diseases: Ninth Revision (ICD-9) JO - Ann Intern Med VL - 88 UR - https://doi.org/10.7326/0003-4819-88-3-424 DO - 10.7326/0003-4819-88-3-424 ID - SLEE1978 ER - TY - CHAP AU - Wang, A. Y. AU - Barrett, J. W. AU - Bentley, T. AU - Markwell, D. AU - Price, C. AU - Spackman, K. A. AU - Stearns, M. Q. PY - 2001 DA - 2001// TI - Mapping between SNOMED RT and Clinical terms version 3: a key component of the SNOMED CT development process BT - Proc AMIA Annu Symp AMIA Symp ID - Wang2001 ER - TY - JOUR AU - Lindberg, C. PY - 1990 DA - 1990// TI - The Unified Medical Language System (UMLS) of the National Library of Medicine JO - J Am Med Rec Assoc VL - 61 ID - Lindberg1990 ER - TY - JOUR AU - Turan, N. AU - Kalko, S. AU - Stincone, A. AU - Clarke, K. AU - Sabah, A. AU - Howlett, K. AU - Curnow, S. J. AU - Rodriguez, D. A. AU - Cascante, M. AU - O'Neill, L. AU - Egginton, S. AU - Roca, J. AU - Falciani, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - A systems biology approach identifies molecular networks defining skeletal muscle abnormalities in chronic obstructive pulmonary disease JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002129 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002129 ID - Turan2011 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Joshi-Tope, G. AU - Gillespie, M. AU - Vastrik, I. AU - D'Eustachio, P. AU - Schmidt, E. AU - de Bono, B. AU - Jassal, B. AU - Gopinath, G. R. AU - Wu, G. R. AU - Matthews, L. AU - Lewis, S. AU - Birney, E. AU - Stein, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Reactome: a knowledgebase of biological pathways JO - Nucleic Acids Res VL - 33 ID - Joshi-Tope2005 ER - TY - JOUR AU - Swan, A. J. AU - Clark, A. R. AU - Tawhai, M. H. PY - 2012 DA - 2012// TI - A computational model of the topographic distribution of ventilation in healthy human lungs JO - J Theor Biol VL - 300 UR - https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2012.01.042 DO - 10.1016/j.jtbi.2012.01.042 ID - Swan2012 ER - TY - JOUR AU - Wagner, P. D. PY - 1993 DA - 1993// TI - Algebraic analysis of the determinants of VO2,max JO - Respir Physiol VL - 93 UR - https://doi.org/10.1016/0034-5687(93)90007-W DO - 10.1016/0034-5687(93)90007-W ID - Wagner1993 ER - TY - JOUR AU - Wagner, P. D. PY - 1996 DA - 1996// TI - Determinants of maximal oxygen transport and utilization JO - Annu Rev Physiol VL - 58 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.ph.58.030196.000321 DO - 10.1146/annurev.ph.58.030196.000321 ID - Wagner1996 ER - TY - JOUR AU - Cano, I. AU - Mickael, M. AU - Gomez-Cabrero, D. AU - Tegnér, J. AU - Roca, J. AU - Wagner, P. D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Importance of mitochondrial P(O2) in maximal O2 transport and utilization: a theoretical analysis JO - Respir Physiol Neurobiol VL - 189 UR - https://doi.org/10.1016/j.resp.2013.08.020 DO - 10.1016/j.resp.2013.08.020 ID - Cano2013 ER - TY - JOUR AU - Selivanov, V. A. AU - Cascante, M. AU - Friedman, M. AU - Schumaker, M. F. AU - Trucco, M. AU - Votyakova, T. V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Multistationary and oscillatory modes of free radicals generation by the mitochondrial respiratory chain revealed by a bifurcation analysis JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002700 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002700 ID - Selivanov2012 ER - TY - JOUR AU - Selivanov, V. A. AU - Votyakova, T. V. AU - Pivtoraiko, V. N. AU - Zeak, J. AU - Sukhomlin, T. AU - Trucco, M. AU - Roca, J. AU - Cascante, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Reactive oxygen species production by forward and reverse electron fluxes in the mitochondrial respiratory chain JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001115 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001115 ID - Selivanov2011 ER - TY - CHAP AU - Moore, E. F. PY - 1959 DA - 1959// TI - The shortest path through a maze BT - Proc Int Symp Theory Switch ID - Moore1959 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. AU - Domrachev, M. AU - Lash, A. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.207 DO - 10.1093/nar/30.1.207 ID - Edgar2002 ER - TY - STD TI - Huertas Migueláñez MM, Mora D, Cano I, Maier D, Gomez-Cabrero D, Lluch-Ariet M, Miralles F: Simulation Environment and Graphical Visualization Environment: a COPD use-case. BMC J Transl Med to appear. ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Fujita, K. A. AU - Ostaszewski, M. AU - Matsuoka, Y. AU - Ghosh, S. AU - Glaab, E. AU - Trefois, C. AU - Crespo, I. AU - Perumal, T. M. AU - Jurkowski, W. AU - Antony, P. M. A. AU - Diederich, N. AU - Buttini, M. AU - Kodama, A. AU - Satagopam, V. P. AU - Eifes, S. AU - Del Sol, A. AU - Schneider, R. AU - Kitano, H. AU - Balling, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Integrating pathways of Parkinson's disease in a molecular interaction map JO - Mol Neurobiol VL - 49 UR - https://doi.org/10.1007/s12035-013-8489-4 DO - 10.1007/s12035-013-8489-4 ID - Fujita2014 ER -