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Table 5 MHC Class II epitopes with antigenicity scores

From: De Novo modeling of Envelope 2 protein of HCV isolated from Pakistani patient and epitopes prediction for vaccine development

Starting position

Peptide

Allele

Antigenicity score

28

LQLINTNGS

DRB1_0101, DRB1_0102, DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0401, DRB1_0402, DRB1_0404, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423, DRB1_0426, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1321, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328, DRB1_1506, DRB5_0101, DRB5_0105

-0.2636

64

FNSTGCPSM

DRB1_0101, DRB1_0701, DRB1_0703,

0.6645

179

LKTCGAPSC

DRB1_0101, DRB1_0102,

-0.2346

31

INTNGSWHI

DRB1_0102, DRB1_0402, DRB1_0701, DRB1_0703,

1.0793

124

VYCFTPSPV

DRB1_0102, DRB1_0423, DRB1_1501, DRB1_1506

1.4124

154

VFLLESCGP

DRB1_0102, DRB1_0404, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0423,

-1.3987

58

LIYRYRFNS

DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0804, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1104, DRB1_1106, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1307, DRB1_1311, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328, DRB1_1501, DRB1_1506

-0.051

72

MLSSCKPIT

DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_1107

-0.3409

132

VVVGTTDAK

DRB1_0301, DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0311, DRB1_1107,

1.8645

37

WHINRTALN

DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_0401, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0410, DRB1_0421, DRB1_0426, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0806, DRB1_0817, DRB1_1101, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1128, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1321, DRB1_1323

0.3868

62

YRFNSTGCP

DRB1_0305, DRB1_0309, DRB1_0401, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0421, DRB1_0426, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_1101, DRB1_1120, DRB1_1128, DRB1_1302, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1321,

0.9493

105

WHYAPRSCS

DRB1_0305, DRB1_0306, DRB1_0307, DRB1_0308, DRB1_0309, DRB1_0311, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0813, DRB1_1101, DRB1_1107, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1128, DRB1_1302, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1323

0.5807

172

WMNSTGFLK

DRB1_0305, DRB5_0101, DRB5_0105

0.1523

169

WTRGERCDI

DRB1_0305, DRB1_0309,

0.9138

54

FIAGLIYRY

DRB1_0309,

0.4518

127

FTPSPVVVG

DRB1_0309, DRB1_0421

1.3553

239

WHYPCTVNF

DRB1_0309, DRB1_0405, DRB1_0421, DRB1_0703

0.7657

167

WFGCVWMNS

DRB1_0401, DRB1_0408, DRB1_1101

0.2989

60

YRYRFNSTG

DRB1_0402, DRB1_0405, DRB1_0408, DRB1_0421, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0806, DRB1_0813, DRB1_0817, DRB1_1120, DRB1_1302, DRB1_1502

1.5053

247

FTLFKVRMF

DRB1_0402, DRB1_0701, DRB1_0703, DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_1101, DRB1_1102, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1128, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1305, DRB1_1307, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328

0.0943

256

VGGFEHRLS

DRB1_0402, DRB1_1102, DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1121, DRB1_1301, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1322, DRB1_1323, DRB1_1327, DRB1_1328

1.3166

252

VRMFVGGFE

DRB1_0405, DRB1_0410, DRB1_0801, DRB1_0806, DRB1_0817, DRB1_1304, DRB1_1321, DRB1_1501, DRB1_1502, DRB1_1506

-0.4355

147

WGENETDVF

DRB1_0421

-0.0038

125

YCFTPSPVV

DRB1_0701, DRB1_0703

1.2112

241

YPCTVNFTL

DRB1_0701, DRB1_0703

0.9270

259

FEHRLSAAC

DRB1_0801, DRB1_0802, DRB1_0813

1.8179

277

IEDRDRSEQ

DRB1_0813

0.5283

103

YCWHYAPRS

DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1302, DRB1_1323

1.3992

190

YGGNGRRGN

DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1302, DRB1_1304, DRB1_1323

2.2420

209

FRKHPEATY

DRB1_1114, DRB1_1120, DRB1_1302, DRB1_1323,

0.8056

236

YRLWHYPCT

DRB1_1502, DRB1_1506

0.5131

245

VNFTLFKVR

DRB5_0101, DRB5_0105

0.9765

59

IYRYRFNST

DRB1_1501, DRB1_1502, DRB1_1506

0.9405

55

IAGLIYRYR

DRB5_0101, DRB5_0105

1.4380

  1. Non-Antigens are shown in bold face.